康熙三十六年(1697年)二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心，沙皇俄国也积极支持其叛乱。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤(今新疆巴里坤)、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏，进行分裂叛乱活动。由于康熙及时派兵进藏协同藏军进行围剿，才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出西藏。康熙帝逝世后，雍正继续坚持平定准噶尔贵族割据势力的斗争。
政治影响
在清朝，“大一统”、“一体”、“一统”和统一是同义词，全国的统一对于清王朝来说，是不可动摇的目标。正如康熙帝所说：“朕为天下一统主，务使四海之内，人民咸获其所，一享太平”。
康熙三征噶尔丹以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。康熙五十六年(1717年)，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦攻占西藏，康熙派胤禵领兵入藏驱逐了准噶尔势力，维护了西藏地区的安宁。
军事影响
清军平定准噶尔贵族分裂叛乱战争的胜利，不仅维护、巩固了西北边陲，消灭了准噶尔贵族分裂势力，而且也打击了沙皇俄国侵略中国准噶尔的野心。之后的康熙五十九年(1720年)，康熙帝派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。
地缘影响
清朝统治者对于割据一隅的边疆民族政权并未简单地斥之为分裂或分裂政权。而是在不同的阶段、对不同的民族、按不同的地区所确立的不同关系采用了不同的称呼，实施不同的政策。在与边疆民族各部的关系上，清朝统治者明确规定：“分疆别界，各有定制”。
从清初至18世纪统一多民族国家最后形成的一百年间，中国广阔的土地上，既有清王朝，也有边疆民族政权，多种政权和多种制度并存，相互之间既有吸收、融合又有排斥和对抗，除了准噶尔与清朝对抗时间较长外，其他基本都处于和平交往的状态中，这种长时间的多种政权并存的局面为各民族和各民族政权的经济文化发展创造了有利时机，也为统一多民族国家形成和版图奠定的稳定性提供了时间的保证。