于1645年5月20日的城防崩溃后，扬州城居民只有听天由命了。尽管当时大雨倾盆，但是一些居民忙着烧香，准备着入侵者的到来，同时大量地隐藏他们的金银财宝。他们只是做了这些谨慎的准备，但是全然无力抵抗那些已接管这座城市的满族人、蒙古人和投降了的汉人。王秀楚写道：“众皆次第待命，予初念亦甘就缚”。
那些叛徒领着清兵在这座商业城市中从一个富户进入另一个富户。清兵们先是要银子，后来就无所不要了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的嚎叫声。那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。到于1645年5月21日，一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使仆倒在地者也不能幸免。诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土;满地皆婴儿，或衬马蹄，或藉人足，肝脑涂地，泣声盈野。 扬州变成了屠场，血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首，一切社会准则都不复存在了。
扬州百姓，同仇敌忾御敌。据史可法纪念馆馆藏资料记载：在保卫扬州城的战斗中，百姓踊跃参战。有的奔上城头抢修防御工事，有的协助兵士巡城，连妇女老小都出动，搜集砖石、石灰，赶制刀枪弓箭。退职武将樊大纲召集一批志士，加入守城队伍。其母为了免除儿子的牵挂，竟一头撞死在石碑上。城被攻破后，市民们或同清兵巷战而死，或自杀身亡。二百多扬州少年自发组织起来，到处伏击清军，全部战死：诸生高孝瓒，在衣襟上书：“首阳志，睢阳气，不二其心，古今一致”，在学宫自缢;医生陈天拔、画家陆榆，船民刘某、徐某，均不屈死;妇女拒辱自杀者不计其数。
那些从城墙上跳下去企图逃跑的人不是摔断了大腿，就是落到了流氓无赖和散兵游勇手中，他们把这些人抓起来拷打，要他们交出财宝来。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂满烂泥和脏物，希望以此躲开人们的注意，但是清兵不时地用长矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像动物一样蠕动起来，鲜血从伤口流了出来。大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵(“不知为清兵、为镇兵、为乱民”)拦住，乱棒打死。
到5月25日，即滥杀和抢劫的第六天，这场大屠杀结束了。清军接到豫王的命令，就此封刀。和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。到5月27日，开始赈济口粮。又过了几天，那场雨——它使大火没有毁灭整个城市——终于停止了，太阳也出来了。当时的人们估计，有80万人死于这场屠杀。