1903年6月29日(闰五月初五日)，上海报纸上就有“爱国学社召集不逞之徒，倡演革命诸邪说”，“端方领奉廷寄外交部呈递魏光焘电”，“饬查禁密拿”的报道。端方是湖广总督，魏光焘是两江总督，说是“钦奉廷寄外务部呈递魏光焘电”，说明是“由上而发”的。次日(6月30日)，“由沪道商美总领事会同各领签押，工部局即允协拿。”清政府以《苏报》“悍谬横肆，为患不小”，特嘱美人福开森“切商各领等，务将该馆立即封闭”。7月4日，上海道袁树勋又亲访英、美领事，密谋镇压。
“苏报案”发生，上海租界当局审讯时，中外官僚也相勾结。清政府指控《驳康有为论革命书》“大逆不道”的语句是：“盖自乙未以后，彼圣主所长虑却顾，坐席不暖者，独太后之废置吾耳。殷忧内结，智计外发，知非变法，无以交通外人得其欢心;非交通外人得其欢心，无以挟持重势，而排沮太后之权力。载湉小丑，未辨菽麦，铤而走险，固不为满洲全部计”。“载湉者，固长素之私友，而汉族之公仇也。况满洲全部之蠢如鹿豕者，而可以不革者哉?”章太炎在法庭上严词申斥，指出：“今年二月，在爱国学社任教习，因见康有为著书反对革命，袒护满人，故我作书驳之”。并“供不认野蛮政府。”清政府延请古柏及哈华托为律师，“谳员孙建臣直刺会同英总领事署迪翻译官升堂研鞫。”7月21日，第二次审讯，“为章、邹诸党人所延律师博易及琼司”也到庭。博易称：“古律师所请改期会讯，堂上不能允从。若云交涉事机，究与何人交涉，不妨指明。况《公共租界章程》，界内之事，应归公堂审理。现在原告究系何人?其为政府耶?抑江苏巡抚耶?上海道台耶?”审判员孙建臣说：“系奉旨着江苏巡抚饬拘，本分府惟有尊奉宪札行事而已”。博易律师又称：“政府律师如不能指出章、邹等人所犯何罪，又不能指明交涉之事，应请将此案立即注销”。哈华托不允，谓：“仍俟政府将交涉事机议妥，然后订期会讯”。孙建臣及英总领事署迪翻译“皆曰诺。”
“引渡”在此以前，清政府想方设法，欲置章、邹于死地。以“大逆不道，煽惑人心，谋为不轨”的罪名，企图将章、邹“引渡”，解至南京，处以极刑。美国公使康格、总领事古纳、参赞福开森也秘密策划“移交中国官府惩办”，以便从清政府手中换取更多的特权。由于帝国主义在侵华过程中有矛盾，从而对于“引渡”，态度也不一致。据《中外日报》1903年8月18日载：“近在北京地方各公使因上海苏报馆一案，英国参赞之意，以为诸人不应交与华官，日本公使以为未尝拘人。以前上海道既与各国领事立有约章，现在即应照约办理。惟俄、法两国则欲助中国政府，将诸人交于华官，故其中彼等之意见各不相同。美公使之意以为莫妙于仍交上海领事办理此事也。”尽管他们态度不一，但对中国人民的反抗加以镇压则是一致的，说是“逆书笔端犀利，鼓吹武装革命，杀戮满人，痛诋皇上，西人何故保护此辈莠民，使其谋为不轨，安然造反耶?”终因“街头谣言纷纭”，“引渡”未能实现。只要写今上一字，罪名足矣”。古柏接着说：“章等扰乱人心之处，请阅之，其意欲将满人驱逐。此种重大之事，如华人尽听其语，天下岂不大乱”。主张严惩，汪瑶庭提出“应照华例究办”，古柏也予附和。清政府官僚和英、美租界当局相互勾结。
宣判领事团又“对此发生异议”，相持不决。当时报载：“苏报馆革命党渠魁邹容、章炳麟迭经上海县汪瑶庭大令命驾至英、美等国公共租界公廨会同谳员邓鸣谦司马、英总领事署翻译官翟比南君讯明各情，拟科以永远监禁之罪。前日，捕头遂命将章、邹二犯送入提篮桥畔西狱收禁。”次年5月(四月)，章太炎被判处监禁三年，邹容被判处监禁二年。“罚作苦工，限满释放，驱逐出境”。钱允生、陈吉甫“开释”。陈仲彝“姑准交保寻父到案”，龙积之“亦应省释。”
1903年7月7日，《苏报》被封，逮捕了章太炎。邹容激于义愤，自动投案。章、邹在会审公廨上继续宣传革命，坚持斗争。蔑视帝国主义和清朝统治者的迫害。1904年5月，章、邹分别被租界法庭判处监禁3年和2年徒刑，并禁止中国人在租界内办报纸宣传革命和出版革命书籍。1905年，邹容被折磨致死，年仅21岁。1906年，章太炎刑满释放。强势的清政府企图通过这一事件压制舆论以达到镇压革命的目的，然而事与愿违，通过“《苏报》案”，《革命军》的销行更广，革命风潮日盛。