从有关史籍记载和语言、文化特点等方面分析，水族源于古代、“百越”族系，系从秦汉时期西瓯中的一支发展演变而来，唐宋时与壮侗语族诸民族统称为“僚”，明清时称“水”。北宋时，水族已在龙江上游和都柳江上游之间一带地区(即今三都水族自治县及毗连的荔波、环江等地)定居生活，当时称为“抚水州”。这一时期，这里的农业生产已有一定发展，平地已广种水稻，出现村落，酋长居住的地方有“楼屋战棚”，并以竹栅护卫。
社会内部已分化为贵族和平民两个阶级。蒙氏世为首领，形成一相当强大的政治势力，曾不断与宋王朝发生武装冲突，但在社会基层组织的“洞”或“寨”内，仍保留着较浓厚的农村公社色彩。元至元二十年(1283)，四川行省参政曲立司一武力政府贵州南部“九溪十八洞”，分封少数民族首领为世袭土官，通过他们来统治当地水族和其他各族。不久，都柳江上游的烂土、陈蒙等处长官司要求内属，改为陈蒙、合江州，规定按期向封建王朝纳贡丹砂、雄黄以及马匹、雨毡等物。
明洪武间复长官司，隶都匀府。清置三脚州。1914年改三脚州为三合县，后改称三都县。在荔波水族地区，宋置荔波峒，后改称州，同时保留一些长官司建制。
明王朝在加强土司制度的同时，在有条件进行直接统治的地方，则逐步实行“改土归流”。如明初，封建王朝用武力裁撤了荔波州的蒙、雷、皮三姓土司，分置三个巡检司。
清置荔波县，对水族地区进行直接统治。清朝直接统治水族地区后，汉族移民也随着大批迁入，促进了各民族间的经济文化交流，农业生产技术和水利设施以及家庭纺织等手工业有了显著的发展，农村初级市场和较大的集镇相继形成，封建领主经济逐渐向地主经济转化，至清代中叶，农村中出现了拥有千亩田土的大地主。