那么这幅画卷中究竟画的是哪一位皇帝呢？祖国大陆专家认为是明世宗嘉靖皇帝朱厚熜，与此同时，一部分台湾专家也认为是明世宗嘉靖皇帝朱厚熜，那么画卷中画的皇帝是明世宗朱厚熜吗？史书记载，嘉靖皇帝谒陵回来时百官是在胡城门外相迎的，但是《出警入跸图》中绘制的却是西直门桥，另一方面《出警入跸图》画卷上的十三陵牌坊是建于嘉靖十九年，也就是公元的1540年，这一年却没有嘉靖皇帝去谒陵的记载，由此推断《出警入跸图》中去掲陵的不可能是嘉靖皇帝。那到底哪一位皇帝呢？
台湾著名人士朱鸿教授认为经过仔细研究后提出《出警入跸图》上描绘的应该是明神宗万历皇帝朱翊钧。为什么呢？中国古代宫廷有专门记载皇帝日常言行的日记叫《起居注》。根据《万历起居注》记载，万历皇帝到西郊谒陵时乘马而去，坐船从水路而归，这正好与《出警入跸图》的描绘相符。《起居注》还记载万历皇帝归来时文武百官都在西直门桥欢迎皇帝而《出警入跸图》的结尾处所绘制的也是西直门桥，由此可见《出警入跸图》描绘的确实是明神宗万历皇帝。