哲赫忍耶创始人马明心是回族人，他出生在甘肃陇南市，1781年农历3月27日在兰州城头被清廷人杀害，去世时63岁。马明心，字复性，早年丧父，跟着叔父一起生活，在6岁时进入清真寺学习阿拉伯文，9岁时跟叔父于1728年沿着青海、新疆、中亚丝绸古道徒步前去麦加朝觐，途中突然遭遇风暴，导致叔侄失散，经过几次辗转，马明心最后流落在中亚布哈拉，居住在“伊斯哈格”道堂做事，在导师阿卜杜勤.哈里格.阿齐兹.米斯加吉的教育下，学习苏菲教义，履行道乘功修炼数年。在其期间先后去麦加朝觐11次，向一些著名学者请教，受益颇深。
1744年马明心经过中亚、新疆返回河洲，途径经过青海循化时，被当地宗教人士挽留讲授《古兰经》，之后马明心就在河湟地区开始传授哲赫忍耶学理，并接收门徒，讲经宣教。马明心吸收了嘎底林耶的修道，使修炼更为严密，在宗教礼仪方面，马明心主张简化宗教礼仪，宗教施舍要用在救济穷人身上，不能用不正常手段获得钱财，反对修建跟装修清真寺，一切以简化为主。马明心的主张得到了穆斯林的支持，信众日益增加，威胁到华寺门宦的地位，引起了发华跟哲之间的矛盾。1762年华寺门宦第二代掌教人向政府指控马明心，马明心被迫离开，迁居在定西官川，来求道阿訇就有数百人，经过这些学生的多次传播，追随者日益增加形成了一个较大的宗教，被称为官川门宦，而马明心被称为官川阿齐兹，简称尊贵者。
马明心后代马元章，字光烈，号祯祥，原名马云鹏，是伊斯兰教苏菲主义哲赫林耶学派的第七任教主，经名为利牙顿丁，道号为素迪根拉.穆罕默德.努尔。公元1853年10月8日出生在云南。马元章是马明心的第四代人，马明心的长子马顺清是马元章的祖父。马顺清有五子，其中第三子马圣麟，马圣麟的长子马元章，次子马元坤(少亡)，三子马云超，其中马元章从小天资聪颖，《古兰经》在18岁时就倒背如流，并且精通中国文史，使当时一些阿訇、长者惊讶，堪称奇才。马元章在哲赫林耶派经历的反清失败遭遇中得到了深刻的教训，马元章尽量与官方调整好关系，以便取得立足之地。庚子年间，董福祥得罪了洋人，避居固原时，目睹了哲赫林耶派的兴起，感到不快，计划如何挑起事端，马元章一方面劝教民不要跟政府作对，另一方面直言董福祥不要轻举妄动，马元章向政府担保回族人民没事，从而改变了局面，稳定了人心。
在第一次世界大战时，土耳其参加了同盟国。而马元章以教主的身份致电袁世凯，虽然他与土耳其同信伊斯兰教，但是他会诚挚拥护中国政府的对外立场。马元章的行为让哲赫林耶派跟官方的关系得到了很大的改善。经过20年的苦心经营，恢复、巩固与发展哲赫林耶派，使哲赫林耶派成为继马明心跟马化龙的第三次盛世时期。马明心积累了很多的财富，拥有道堂7处。强调道堂财产属于宗教财产，只能使用在宗教事业上，任何人不准作为自己的私有财产挥霍。1920年农历十一月初七日，在甘肃海源发生了大地震，马元章在西吉遇难不幸去世。