经学
马融之学，属于古文经学中的一种典型。在儒家经学的发展史上，马融开始了综合各家、遍注群经这种带有开创性的工作，他的经注成就，使古文经学开始达到成熟的境地，预示着汉代经学发展将步入新的时期。
马融长期在东观校书著述，为他能综合各家之学，遍注古文经典，提供了十分有利的条件。他善于吸取前人的学术研究成果，他曾经想注解《左氏春秋》，见了贾逵、郑众的注解，就说：“贾君精而不博，郑君博而不精。有精有博，我没有什么说的了。”他综合了贾、郑二家的优点，撰成《春秋三传异同说》，是《春秋》学集大成的一部专著。马融还曾与北地太守刘环讨论过《春秋》学的一些分歧问题。据考证，马融注《易》源于《费氏易》，又杂采子夏之说以及孟氏、梁丘氏、京房氏诸家《易》学。注《尚书》，取郑氏父子和贾逵之说。注《诗》，除《毛氏诗》外，兼采《韩诗》。此外，马融还注《三礼》、《孝经》、《论语》、《老子》、《淮南子》、《离骚》、《列女传》等。著赋、颂、碑、诔、书、记、表、奏、七言、琴歌、对策、遗令，共二十一篇。
马融的经学著作多已散佚。清人编的《玉函山房丛书》、《汉学堂丛书》都有辑录。另有赋颂等作品，有集已佚，明人辑有《马季长集》。 马融会鼓琴，好吹笛，据《昭明文选》载，他作有《长笛赋》。
教学
马融才高，学识渊博，是当世的通儒。他教授门徒，常有千人之多。涿郡人卢植、北海人郑玄，都是他的学生。马融性格放达任性，不为儒者的小节所拘。他的房屋器用衣物，都崇尚奢侈，常常坐高堂，挂红纱帐，前面教授门徒，帐后设置女乐。他的弟子按顺序传授，很少有进入室内的。 他还擅长鼓琴，好吹笛，任性而为，“不拘儒者之节”。他的前授生徒，后列女乐的作法，对以后魏晋清谈家的破弃礼教产生了一定的影响。