国旗与国歌
清朝没有法定的国旗与国歌。近代以后，随着与西方国家的交往，逐渐引入西方国家的一些概念，其中就包括国旗与国歌。光绪十四年(1888年)，清政府认定“黄底蓝龙戏红珠图”(即俗称的清朝“黄龙旗”)为大清国旗。19世纪后期至20世纪初，清朝曾先后使用《普天乐》、《李中堂乐》、《颂龙旗》作为半官方国歌或代国歌。直到1911年，清政府定《巩金瓯》为正式国歌，由于辛亥革命爆发，《巩金瓯》后来没有流行开来。
决策机关
南书房
康熙十六年(1677年)设立南书房，起初是为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
军机处
雍正七年(1729年)，清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆帝即位后安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。乾隆二年(1737年)乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至宣统三年(1911年)四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止。
责任内阁
宣统三年四月初十(1911年5月18日)，清政府宣布废除军机处，实行内阁制，任命内阁总理大臣和诸大臣组成内阁。由庆亲王奕劻组成中国历史上第一个现代意义上的内阁。然而，由于内阁成员中过半数为皇族或满人，时人讥之为“皇族内阁”。该内阁在辛亥革命后倒台，由袁世凯组成的新内阁所取代。
执行机关六部(吏、户、礼、兵、刑、工)为清朝最高执行机关，各部长官 称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年(1644年)规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
刑律
顺治四年(1647年)《大清律例》编修完成。《大清律》基本上承袭《明律》的内容。后经康熙、雍正两朝屡次增删，并于雍正五年公布。但清朝最经常起作用的是例，而不是律。胡林翼说：“《大清律》易遵，而例难尽悉。”胥吏都谙熟例案，常可执例以压制长官。《大清律》还表现出民族歧视和压迫的特色。满人、汉人在法律上不平等。清廷对各少数民族地区还有各种特订的法律，如蒙古族有“蒙古律例”，维吾尔族有“回律”，藏族有“番律”等等，以加强对各少数民族人民的统治。光绪三十三年修订法律馆“专以模范列强”为宗旨，制定大清新刑律草案。草案分总则、分则两编，主刑、从刑两类;并制定了有关国交、选举、交通、通讯等方面的犯罪条款，确立了缓刑、假释的制度。在新刑律颁行前,修订法律馆删修大清律例,以《大清现行刑律》作为过渡，于宣统二年颁行。现行刑律颁行不久，清朝即覆灭，现行刑律中的民事条款被中华民国时期北洋政府所援用。
文字狱
清朝虽依靠武力开疆扩土，但在人文精神上比明朝确有了很大退步。清初和中期，推行民族牢狱式的统治，为震慑反清势力打压汉人反清复明运动与防止散播不利皇帝的消息，维护清政府封建统治，屡兴文字狱以控制士大夫的思想。文字狱之案件常是无中生有，小人造谣所为。其特征是：罪状由权力人物对文字的歪曲解释而起，证据也由权力人物对文字的歪曲解释而成。一个单字或一个句子一旦被认为诽谤元首或讽刺政府，即构成刑责。较大规模的文字狱甚至可以牵连成千上万人受害。柳诒徵称：“前代文人受祸之烈，殆未有若清代者。故雍乾以来，志节之士，荡然无存。……稍一不慎，祸且不测。”
顺治四年(1647年)，发生第一起文字狱“函可案”。一位法号函可的和尚因藏有“逆书”《变记》而被逮捕，后来流放到渖阳。顺治末年又发生庄廷鑨明史案，并惊动朝廷中的辅政大臣鰲拜等人。清朝诸例文字狱中，有名的有康熙时期的南山案、雍正时期的查嗣庭试题案和吕留良案等。清朝历史中，顺治、康熙时期的“文字狱”还只是个别现象，到雍正时则成为一种普遍的“制度”。在文字狱浪潮中表现得最为疯狂的则是乾隆，共发生一百三十余案。