内阁
1380年朱元璋罢中书省，废丞相，亲理政务，但是力不从心，故设立四辅官来辅佐政事，但这项制度效能不彰，1382年七月被废。十一月，仿宋制，置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又设文华殿大学士，以辅导太子，品秩皆为正五品。朱棣登基后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，由此成立内阁。内阁只为皇帝的顾问，奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝意旨写出，称“传旨当笔”。明仁宗增置谨身殿大学士。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度。明初，内阁无实权。之后内阁地位逐渐升高，权限逐渐增大，到明世宗时，内阁终跃至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，内阁成了中央最高的的决策机构。
六部明朝在中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部最为重要，户部人员最多。礼部与工部地位较低，而在南京六部除兵部 、户部外，其他四部基本没有没有实权，是被排挤出中央的官员的“养老之地”。
监察机构朱元璋为吴王时，始置御史台，设左、右御史大夫各一名。1380年，罢御史台。1382年更置都察院，设监察都御史八人。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史三到五名，称为十二道监察御史。监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。1403年，改北平道为北京道。1420年，罢北京道，增设贵州、云南、交趾三道。1425年，称行在都察院。1435年，罢交趾道，始定为十三道。正统年间去“行在”字。六科六科，负责侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。洪武六年，设给事中十二人，秩正七品，始分为六科，每科二人。洪武二十四年，更定科员，每科都给事中一人，正八品。六科官职品级虽低，然职权很高。他们有“封驳权”，可以不赞成皇帝的意旨。该制度发挥了一定的改善朝政作用。
五寺五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺和鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，九卿之一。其余四寺卿职权较低。太常寺负责祭祀礼乐，隶属于礼部;太仆寺管理马匹，隶属于兵部;光禄寺负责寿宴、进贡等，隶属于礼部;鸿胪寺负责朝会、宾客(外吏朝觐，诸蕃入贡)、吉凶仪礼。
厂卫机构
明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。锦衣卫负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。东厂主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯;而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。内厂设于武宗时期，任务是牵制锦衣卫、东厂和西厂的权利，防止它们三个机构相互勾结权利的扩展，是武宗为政的另一种手段。首领为宦官刘谨，刘谨伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。
其它机构太师、太傅、太保为三公，明仁宗之后，三公皆为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。太子太师、太子太傅、太子太保，只有朱棣以姚广孝专为太子太师，留辅太子，自是以后，终明一代皆为虚衔。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，太医院附属有生药库和惠民药局。二十四衙门(十二监、四司、八局，由宦官所担任)。亲军上直二十六卫，除锦衣卫设有南北两个镇抚司，其他二十五卫各设有一个镇抚司，已上俱不属五军都督府管辖。女官，洪武五年，定为六局一司。永乐后，职尽移于宦官，只保留少数女官。
法律《大明律》第一次提出了“法律面前人人平等”的原则，明孝宗的修律，更将“不因言杀人”写入律法。大明律是西方启蒙运动时期备受推崇的法律奠基，近代的欧美法系和大陆法系，都从《大明律》中受益颇多。