明朝军队主要由卫所、边军、京营三部分组成，其中卫所主要负责驻守全国各地，边军驻守九边重镇负责边防，京营驻守京城内外负责京城安全。明朝的军事编制其实主要以卫所制为主，所谓的京营和边军其实都是从卫所制演变而来，是对当地卫所的重新整编。
卫所
卫所是明朝全国各地的重要武装力量，以五军都督府为最高统帅机构。五军都督府下设都指挥使司、行都指挥使司和留守司，诸司下设卫所，一卫有5600人，其下分别设千户所、百户所、总旗、小旗等单位。
1、五军都督府：即中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。各府分设左、右都督，正一品;都督同知，从一品;都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。以上各职位均无定员。
2、都指挥使司(行都指挥使司)：设都指挥使一人，正二品;都指挥同知二人，从二品;都指挥佥事四人，正三品。
3、卫：下辖5个千户所，共5600人。设指挥使一人，正三品;指挥同知二人，从三品;指挥副使(指挥佥事)，正四品;镇抚二人，从五品。
4、千户所：分驻重要府州，下辖10个百户所，共1120人。设正千户一人，正五品;副千户两人，从五品;镇抚二人，从六品。
5、百户所：分驻军事要冲和各县，下辖2个总旗，共112人。设百户一名，正六品。
6、总旗：辖5个小旗，共50人。设总旗一人，正七品。
7、小旗：编制10人。设小旗一人，从七品。
边军
明朝建国后先设九大塞王，统辖漠南诸卫所。永乐之后漠南诸卫所逐渐废除或内迁，后于红熙年间设立九边重镇，分别为辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、山西镇、延绥镇、宁夏镇、固原镇、甘肃镇。九边重镇是明朝和蒙古残余势力防御作战的重要战线。
洪武二年(1369年)始设总兵官，无定职、无品级，通常为公侯或地方都督兼任。洪熙元年(1425年)二月，为了统率边军，始颁将军印在诸边将，其中总兵4人、参将4人，但无品级，无定员。其中镇守蓟镇的总兵不得称将军挂印。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官后，改变了练兵将领不能指挥作战，指挥作战的将领又不管练兵的问题，一定程度提高了军队战斗力，但也存在着总兵称霸一方、拥兵自重的可能。于是，遇到战争时，朝廷又要向下派遣巡抚，参与军队管理，从而反削弱总兵官的权力。
此外，边军还设有副总兵、游击将军、坐营官、守备、把总、提调官等，但似乎并无相应的品级。
京营
明朝京营又称三大营，主要由五军营、三千营和神机营组成，他们是拱卫京师内外安全的主要军事力量。
1、五军营。分为中军，左、右掖和左、右哨，主要由驻守京师的卫所和山东、河南、大宁三都司卫所的班军组成，还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠、效义诸营。
2、三千营。因由三千骑兵组成而得名(实际不止)，分五司，分掌皇帝的旗 、舆服、兵仗金鼓、御用宝物等。
3、神机营。因装备火器而得名，亦分中军，左、右掖，左、右哨。中军分设四司，掖、哨各分设三司，掌铳、炮等项火器。隶属该营的还有五千营，掌操演火器及随驾护卫马队官军。
三大营各设提督内臣、武臣、掌号头官统领。各军、各司分设坐营官、把总、坐司官、监枪内臣、把司、把牌不一。
比较特殊的是作为陪都的南京，设有留守司。设有正留守一人，正二品;副留守一人，正三品;指挥同知二人，从三品。