自清朝入关，逐渐占据天下后，如何给地方分配兵权，成为一个关键问题。地方兵权多大，容易形成藩镇割据，这是唐朝的弊病。地方兵权过小，将军队集中在中央，这是北宋强干弱枝的局面。
清朝问题又较为特殊。它一面融合继承明朝制度，一面又受八旗制度影响。在分配地方兵权时，就受到极大影响。当然，清朝地方兵权在不同历史时期均有变化，都会根据现实情况做出相应调整。
清朝早期军队中，八旗军和绿营军是绝对主力。他们都各自驻扎在全国不同城市。早期时，八旗军战斗力更强，属精锐主力，由于跟皇族关系特殊，更受朝廷信任。
绿营军改编自明朝降军，后招募兵源补充。跟八旗军相比，绿营军人数较多，但驻扎分散，而八旗军则是主要集中在省会或重点城市。
这种驻军特点，就是清朝要让八旗军集中驻扎，绿营军兵力分散，有利于八旗军监督绿营军，也是清朝“首崇满洲”政策下的结果。
八旗军长官由驻防将军和都统担任地方最高军事长官，绿营军由提督长官。不过，雍正以后，地方总督兼任兵部尚书成为常例，绿营军改由总督指挥。
所以，清朝地方官中，最高兵权都集中在驻防将军、都统和总督身上。这三个官职中，哪个职位的兵权最大，并不固定，要看具体情况。
清朝前期时，八旗军一直是朝廷依赖的军事主力，即便绿营军数量更多，也不会被视为精锐。康熙年间，朝廷打仗时，都会调派八旗出征。当时普遍认为八旗军战斗力在绿营军之上。而八旗军的指挥权一般都在驻防将军或都统手中，不会由总督指挥。
从顺治到乾隆年间，总督兵权确实不断扩张，且形成定制，有明确条例做依据，但总督的兵权主要集中在武官调动，而非士兵。
总督不能直接编练招募军队，也不能直接大规模调动军队。他们只能在兵部调令下行事，或者只是调动由自己直接管辖的极少部分绿营军，想要调动巡抚或提督麾下的绿营军，需要出具公文。这个对地方官在军队中的实际兵权有很大影响。
相比之下，朝廷赋予驻防将军和都统更多兵权。驻防将军和都统都有权直接招募兵源，还可以整编训练军队。
因为八旗军是一个军民合一的组织，驻防将军跟都统实际都掌管八旗兵丁的军政事务，在士兵当中有很大影响力。
不过，从乾隆年间开始，八旗军因为长期安逸生活，逐渐磨去锐气，战斗力日渐衰微。清朝皇帝一直希望能提振军队士气，乾隆曾多次颁布谕旨，号召士兵要恢复先祖尚武的风气。
清朝后期时，西方枪炮传入中国后，也是八旗军优先使用。可是，不管清朝投入多少心血，八旗军始终无法担起重任。乾隆年间的多次军事行动，都由绿营军担任主力。
而清朝也常派地方总督直接指挥军队作战。乾隆年间平定大小金川时，就曾让张广泗担任川陕总督，赴前线调兵平叛。从乾隆以后，总督兵权开始逐渐压过驻防将军和都统。
当然，在一些边疆地区的驻防将军和都统，他们的兵权依然很大。例如新疆、内蒙古、东三省等地，这些地区没有设立督抚，地方军政大权都由地方驻防将军和都统掌管。
他们距离京城遥远，又处边地，随时会遇到一些突发情况。如果没有得到足够权限，遇到急事还需要向朝廷请示，那可能就会贻误战机，后患无穷。它们的兵权比内地官员普遍要高很多。
这种情况一直持续到咸丰年间，当时清朝八旗军跟绿营军已经全部衰败，即使多次整顿，也无法革除军队弊病。太平天国起义，江南落入他人手中后，从户部到内务府，一下子都断了财源。
江南过去是朝廷赋税重地，每年至少可以为国库贡献三分之一的赋税。国库没钱，军队不堪用。清朝只好给政策，让地方启用团练，招募军队，组建新军。
这次编练新军的地方官员后，以地方总督、巡抚为主。最典型的便是曾国藩组建的湘军。
这支军队真是开启清朝历史先河，它是独立于八旗军和绿营军外的另一个军事系统。湘军以忠于统帅为主，并不以朝廷调令优先。这种兵权，对朝廷而言，已经有些失控。
虽然这种情况不是全国普遍，但已经成为趋势。即便是曾国藩解散湘军，清朝地方总督后来又组建了其他新式军队。如李鸿章的淮军，张之洞在湖北编练的新军，袁世凯在天津小站训练的新式陆军等。
地方总督兵权不断增加，其鼎盛时期李鸿章以直隶总督掌握军政外交大权，手握湘军和北洋水师，权势一时无二。后来袁世凯以中枢大臣身份逼宫，其兵权来源，也是在地方任职总督时积攒下来的。
相比之下，驻防将军跟都统都衰败不堪，不仅八旗军不堪再战，如伊犁将军、盛京将军、黑龙江将军等职位也被裁撤，改设总督，总督成了晚清地方最有兵权的官职 。