清朝初年，准噶尔部不断扩充势力，严重威胁大清安全。康熙曾三征准噶尔，暂时平息边界纷争;雍正曾因准噶尔串通罗卜藏丹津而再起战端，结果铩羽而归，最后合谈收场。
康熙
不管是战是和，都没有从根本上解决问题，准噶尔部始终都是清朝的一大隐患，尤其在噶尔丹死后，策旺阿拉布坦、噶尔丹策零团结厄鲁特蒙古诸部，实力再度增长。乾隆继位之初，因稳固江山以及财政问题，致力于对准噶尔部和平谈判，但父祖未彻底完成的事业一直被他惦记着。
准噶尔出现内部问题，给了乾隆千载良机
乾隆十年，准噶尔发生瘟疫，九月噶尔丹大汗策零又因病去世，汗位继承人出现隐患。噶尔丹策零有三个儿子，长子达尔札系庶子，次子策旺多尔济“因母贵而嗣汗位”，幼子策旺达什也得到部分王公拥护。因此，策旺多尔济虽上位，却争端不断。
乾隆十五年，策旺多尔济因杀戮过重而被兄长达尔札的部下诛杀，达尔札继承汗位。但准噶尔部贵族大策零敦布多对此非常不满，准备拥戴策旺达什。这个计划很快被泄露，达尔札收到消息后，先下手为强，杀死大策零敦布多以及策旺达什等人。
汗位之争并没有随着策旺达什的去世而结束，大策零敦布多的孙子达瓦齐联合辉特部台吉阿睦尔撒纳，于乾隆十九年发动事变，诛杀了达尔札，达瓦齐登上汗位。政变成功后，这两人又发生矛盾，还在伊犁附近兵戎相见。结果，阿睦尔撒纳大败，带着人马投降清朝，还请求乾隆派兵协助。
阿睦尔撒纳是拉藏汗的孙子，策旺阿拉布坦的外孙，在厄鲁特蒙古王公中有相当影响力。乾隆知道他被准噶尔打败，想利用他为指路人，趁机对准噶尔大举进攻。于是，乾隆高规格接待了阿睦尔撒纳，并封他为亲王。
清廷的大臣们鉴于雍正年间的惨痛教训，反对乾隆出兵，只有傅恒一人支持。但乾隆早就将平定准噶尔看作头等大事，现在准噶尔内讧，实力削弱，正是用兵良机。阿睦尔撒纳又上报“伊犁可取状”，请求朝廷尽快出兵，正合乾隆心意。
傅恒
兵锋所向，剑指准噶尔，顺利进伊犁
乾隆二十年春，准噶尔部的大将玛木特也归顺清朝。就在当月，乾隆任命班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左将军，率军由乌里雅苏台出北路;又任命陕西总督永常为定西将军，萨拉尔为定边右将军，率军由巴里坤出西路，两路出兵会攻。
左、右两个定边将军本就是原准噶尔大将，这次出兵后，他们依旧打出原有旗帜，在前带路。因此，清军所到之处，准噶尔军纷纷归降，甚至有些地方“各部大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊”迎接清军。两路清军于五月初一在博罗塔拉河会师，五天后到达伊犁。
准噶尔汗达瓦齐的部众土崩瓦解，已经无力阻挡清军，便率一万多人退守格登山一带安营扎寨。清军两路出击，达瓦齐兵败如山倒，被擒获者达六千多人，其中包括雍正年间叛逃的罗卜藏丹津。达瓦齐则带着少数随从逃往南疆。
南疆各部对准噶尔深恶痛绝，纷纷起来响应清军。当达瓦齐逃到乌什时，当地首领早已接到班第的行文，立刻将达瓦齐活捉送至清军行营。达瓦齐与罗卜藏丹津被押送至京城，至此，乾隆一征准噶尔胜利结束。
大清只用了三个月，就平定准噶尔，举朝上下欢呼雀跃，乾隆大封功臣，特赐阿睦尔撒纳亲王双俸。乾隆二十年五月，乾隆命人在伊犁建“平定准噶尔勒铭伊犁之碑”以及“格登山碑”，记载丰功伟绩。十月，达瓦齐等人被押送到京，在午门外举行献俘典礼。
乾隆痛斥达瓦齐的罪行，但考虑到他在准噶尔的影响力，就赦免其罪，还加封他为亲王，嫁其宗室之女，赐第京城，以减少准噶尔与大清的仇恨。
乾隆
边疆烽火重燃，乾隆再次出兵，一举平息叛乱
准噶尔被平定后，乾隆为了避免西北边疆再次出现强大势力，便采取“众建以分其力”的策略，把厄鲁特四部封为四汗，各管各的地盘。但阿睦尔撒纳想做四部总台吉，独霸西域，因此，对乾隆的做法并不认同。他开始独断专行，烧杀抢掠，不穿清朝的官服，不用清朝的印章，并暗中扩充实力。
乾隆看出了阿睦尔撒纳并非真心归顺清朝，于是，便命令班第杀人灭口。但是，多数清军已经班师回朝，班第手下只有五百人，没敢轻举妄动。
一计不成，再生一计。战胜准噶尔部后，乾隆召见有功人员到避暑山庄觐见，原打算利用这个机会将阿睦尔撒纳调离大本营，以除后患。
阿睦尔撒纳识破了乾隆的意图，出发后在途中故意拖延，走到乌伦河时又趁机逃跑，并公开与朝廷决裂。一时之间，“伊犁诸喇嘛、宰桑劫掠军台，蜂起应之”。当时清军人数很少，也根本没料到阿睦尔撒纳会叛变，结果连统帅班第也被杀害，而在乌鲁木齐的定西将军永常也不敢出兵支援，只好退守巴里坤，天山南北顿时战乱再起。
就在阿睦尔撒纳叛变不久，喀尔喀蒙古也跟着叛乱，将“卡伦、台站兵丁尽行撤回”，使朝廷北路台站全部瘫痪，军情因此传递中断。
针对新的局面，乾隆制订了新的方案。他任命一批武将，同时，调整厄鲁特蒙古四位汗王人选。结果，前线将领轻信敌人谎言，导致阿睦尔撒纳逃脱。乾隆大怒，临阵换帅，任命阿尔党阿为定西将军，任命兆惠为右副将军，同时还任命超勇亲王成衮札布为左副将军，继续追剿阿睦尔撒纳。
乾隆二十二年，乾隆命令兆惠、成衮札布兵分两路出征，随行的绿营兵留在适合农耕的地方屯田，一方面截断敌军后路，一方面还能解决粮草供应问题。就在此时，准噶尔地区“瘟疫流行，死亡相望”，因此，清军进展顺利，阿睦尔撒纳仓皇逃往哈萨克。
兆惠
清军派人前往哈萨克交涉，哈萨克汗阿布赍已经向清朝“遣使入贡”，答应配合清军捉拿阿睦尔撒纳。等到阿睦尔撒纳一到哈萨克，阿布赍就将其马匹收走。阿睦尔撒纳一看境况不妙，便赶紧带着几名随从逃往俄罗斯。
乾隆对阿睦尔撒纳的叛逃，十分忧虑，他认为：
“游魂远窜，将来必不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境。逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣——《清高宗实录》”
因此，乾隆下令理藩院行文与俄国交涉。依据双方缔结条约中的“彼此不允许留逃人”一款，理藩院要求俄国引渡阿睦尔撒纳。俄国推脱，说阿睦尔撒纳已经“落水身死”，实际上是将其安置于俄国境内。后来，阿睦尔撒纳患天花去世，俄国见无利可图，便将其遗体交还清廷。
乾隆二十三年，乾隆命兆惠清理叛军残余势力，事后又设置满洲驻防兵，并调来绿营兵屯田。至此，困扰清朝数十年的准噶尔问题得以解决。
乾隆平定准噶尔，巩固了清朝西北边防，也巩固了自己的皇位，是其“十全武功”中的重头戏，标志着乾隆朝进入“全盛”时期。