个人觉得是因为：一方面清朝的家族性质决定了其不需要锦衣卫这机构，另一方面清朝吸取明朝的经验，采用了更好的制度替代了锦衣卫这机构的功能。
首先来看明朝为什么设置锦衣卫机构?
在总头目胡惟庸的带领下，文官官僚集团密谋造反，朱元璋镇压了胡惟庸事件，在这之后，为了改变皇帝和官僚集团斗争中的不利局面，明太祖建立了锦衣卫，锦衣卫而是由皇帝的禁卫军所改组成的军事组织。锦衣卫卫的是皇帝，锦衣卫的敌人就是文官官僚集团。其实不管锦衣卫，东厂和西厂都是皇帝政治上对抗官僚集团的工具及机构而已，性质都是一样的。
第一：为什么说清朝的家族性质决定了不需要锦衣卫
其实中国古代朝代按性质可以分为家天下和族天下两种。汉，唐，明是家天下的代表朝代，而元和清则是族天下的代表朝代，一个是一家姓氏的天下，一个是一个族氏的天下。
家天下的朝代皇帝往往势单力薄，需要宦官集团及其领导下的特务机构来做政治上的支持。族天下的朝代皇帝，则有一个统治民族站在他身后，势力强大。这个统治民族站在社会权利最上层，把关着从中央到地方的所有权力要处。皇帝只是统治民族的代表人物而已。
拿清朝来说，天下既是爱新觉罗家的，也是所有八旗族子民的，是家族利益共同体。
纵观中国历史上的朝代共同特点是，作为家天下的汉、唐、明有非常严重的宦官专权问题。而族天下的元和清则是宦官势历弱小，不足为患。根本原因在于后者宦官根本没有登上政治舞台的机会可言，皇帝不需要依靠他们。
第二，清朝有更好的制度替代了类似锦衣卫机构的功能
因为清朝建立在明朝的灭亡废墟上，必定对明朝的弊政和不足之处做出一定的改革处理。
首先看一下明朝的上行文书制度。明朝大臣给皇帝的奏折，要有通政司抄录，内阁转递，基本上一定品级以上的官员都能看到。皇帝能看到的奏折都是经过层层的官员审核通过才能看到的。皇帝要想探听点文官集团中的各种秘密事情，非常困难，只好成立专门的特务机构来做这事，一个锦衣卫还不够，后来又加上东厂西厂。
清朝觉得明朝的上行文书过于麻烦，而且看不到基层的真正奏折意见，实行秘密奏折制度。从康熙开始，鼓励官员给皇帝上秘密奏折，勿需经过内阁等程序，而是直接与皇帝一对一交流。这样一来，各级官员之间谁也不知道别人跟皇上说了些什么。对于皇帝来说，这个制度使他能非常方便地了解各地各部官场及政治情况，根本用不着再成立专门的特务机构了。
同时清朝大兴文字狱制度，跟文字狱比起来，厂卫办事效率只能称为低效。厂卫想人定罪，虽然不走常规的刑部程序，还是需要一定的流程，必须需要人证物证，人证还可能打死也不招，物证也可能做得不细，给人留下把柄，导致想杀的人杀不了，想抓的人抓不到。所以说厂卫在清朝皇帝眼里只能是低效机构。
文字狱实行就容易多了，把文官家里翻个底朝天，带字带画的东西都拿出来，按乾隆皇帝的思路来说，十个有八个都是大逆族诛的罪行，到时候想咋办就咋办。
插一句话，其实锦衣卫在清朝存在了一年，后面改名銮衣卫，是负责掌管皇帝皇后车驾仪仗的机构，负责皇帝出行仪仗及其保管，保卫皇帝的工作，没有以前特务机构的性质了。
总之，清代皇帝为什么取消了锦衣卫?一方面因为清朝与明朝的性质不同，另一方面，清朝吸取明朝的经验教训，清朝采用了更好的制度取代了锦衣卫这机构的功能。