清代官制体系制度中，总督为地方最高级长官，总管一省或二三省，总督与巡抚皆为地方军政大员，合称督抚。在《清史稿·职官志》的记载中，总督乃系“釐治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆”的封疆大吏，较之一省行政长官——巡抚，职权范围更广、更大。
在清代有名的“九大总督”中，有七位总督乃系执掌两省或者数省的所在，唯独直隶总督和四川总督乃系执掌一省职务且监管巡抚事的特殊官职。因为掌管京畿地区，直隶总督的特殊性尚可理解;那么，四川总督为何如此特殊呢?
《清史稿·职官志》明确记载了四川总督的发展历程：
顺治元年，置四川巡抚，驻成都，不置总督。十年，以川省兵马钱粮皆从陕西调发，诏陕西总督孟乔芳兼督四川。十四年，停陕督兼辖，专置四川总督，驻重庆。康熙七年，更名川湖总督，徙荆州。九年，还驻重庆。十三年又省。
也就是说，从顺治元年到雍正十三年，四川一省要么被陕西总督、川湖总督兼管;要么暂时设置单独的四川总督，但并不常设;一直未成定制或专缺官职。
直到乾隆十三年十一月，第一次金川战事行将结束的时候，乾隆皇帝下令设置四川总督官缺，并“始定为专缺，兼管巡抚事”。对于四川总督的官职设定，《清实录·高宗实录》详细记载了乾隆皇帝的谕旨决定：
乾隆十三年十一月。川陕总督。统辖四川、西安、甘肃。幅员甚为辽阔。在寻常无事之时。尚虞鞭长莫及。现今金川军务未竣。地方公事、及筹办军需、一切调度。督抚驻劄西安。难于遥制。即将来平定。亦经理需人。从前曾经分设总督。就近综理。尚书尹继善、今现奉差在陕。著即授为陕西总督。策楞、著授为四川总督、管巡抚事。
也就是说，在第一次金川战事并未完全结束，就算是将来平定以后，也需要专职的善后人选，金川区域进行战后安抚和重建工作。当时的川陕总督掌管四川、陕西、甘肃三省，其总督府衙设置于西安，距离四川西北部的大小金川地区较远，“难于遥制”。为一心一意将第一次金川战事顺利结束并处理好善后工作，乾隆皇帝根据前线需要和具体地方行政庶务的分布，始设四川总督并监管巡抚事。
在这份谕旨以后，乾隆皇帝又专门强调了“分设总督，以专责成”问题，曾经“降旨商之经略大学士傅恒。昨据奏到，意亦相同”的说明后，正式对四川总督的人选选择进行了说明：
川省军兴旁午。将来筹办善后事宜。总督必须得人。应即令策楞、以总督管巡抚事。足可胜任。
策楞，即为钮祜禄·策楞，乃系康熙朝初期“辅政四大臣”之一遏必隆的孙子，乾隆朝满洲勋贵的代表人物。策楞所在的家族有多牛?他的父亲乃系“岁禄所入，以均宗族，人皆贤之”的尹德，乾隆元年诏晋一等公;二弟，乃系被乾隆皇帝称为“朕自御极以来，大臣中第一受恩者”的乾隆朝初期宠臣讷亲;三弟，乃系乾隆朝中期威名赫赫的名将阿里衮，以身殉国后，“谥襄壮，祀贤良祠”。
也就是说，不管是四川总督称为定制官职的特殊原因，还是乾隆皇帝特意选择的首任四川总督人选，都注定了这一官职的特殊性。同时，对金川战事的善后处理，也要求四川总督必须拥有一省巡抚才有的“宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊”的职权才可。所以，才有了除直隶总督以外，单独执掌一省，且兼巡抚事的特殊总督——四川总督。