明万历九年(1581)的某一天，十九岁的万历皇帝朱翊钧和往常一样到太后宫中请安，不巧的是太后不在，端茶的宫女王氏因年轻貌美，被这位少年皇帝给宠幸了。在道德至上的封建时代，这是一件不太光彩的事情，但问题的严重性不仅如此，万历皇帝的第一位皇子就此降生，并因此引发了一场政治大地震。
一时兴起铸成的不仅仅是错，对于万历皇帝来说简直是个永远都甩不掉的包袱
皇帝宠幸宫女虽不光彩，却也不算什么大事，无非就是大臣们嚼嚼舌头。万历皇帝打算是提上裤子就不认账的，可没料到宫女王氏怀上了龙种。官员在记载皇帝日常生活的《起居注》中也留下了记录，万历皇帝几番辩解之后，不得不为此担起了责任。
历史上的万历皇帝有两个突出的特征：一是怠政，二是感情专一。怠政是指他数十年不上朝，而感情专一是指他对郑贵妃情比金坚。在他执政长达半个世纪的时间里，皇帝就像是一个幽闭症患者，天天沉溺于后宫，或与心爱的郑贵妃缠绵，或与太监宫女纵情玩乐。
万历皇帝共有八个皇子，却没有一个是出自正宫皇后王氏。按照中国封建宗法制度中“有嫡立嫡，无嫡立长”的继承原则。显然宫女王氏所生的皇子朱常洛应该被立为皇太子，作为大明王朝的合法继承人。不过，皇家向来有子以母贵的传统，朱常洛的生母王氏偏偏又是一个低贱的宫女，让他的儿子当太子，万历皇帝是无论如何也不愿接受的。
因此，万历皇帝采取了拖延战术，迟迟不下册封太子的诏书，并暗地里与郑贵妃合谋，希望将郑贵妃所生的朱常洵定为储君。如此一来，万历皇帝和明王朝的官僚集团逐渐走向了对立，这也为本朝埋下了一个巨大的政治隐患，最终导致大明朝走向沉沦。历史上称这起事件为“国本之争”。
皇权与传统礼法的第一次碰撞中，谁都不肯让步，但双方都无必胜的把握
万历十五年(1586)年，皇长子朱常洛已经五岁，他的生母王氏时为恭妃。而这一年刚刚生下皇三子朱常洵的郑贵妃(时为德妃)却要被封为贵妃。这个消息从宫中传出后，立即引起轩然大波。御史言官纷纷上疏提出异议。认为这种荣誉应该首先授予王氏，郑氏仅为皇三子的生母，却后来居上，实为颠覆纲常伦理，本末倒置。
群臣的反对引起万历皇帝的极大不满，但册封典礼仍然如期进行。这无形中给朝臣传递出一个不祥的信号，那就是万历皇帝随时会行废长立幼的“大逆”之举。一时间，皇帝的意图与代表传统礼法的文官产生了火花四溅的碰撞。
在儒家传统礼法中，无嫡立长是亘古不变的真理，明太祖朱元璋在太子朱标去世后，为了避免祸起萧墙，维护礼法，毅然决然地选择了皇长孙朱允炆即位。这也为朝臣们据理力争提供了强有力的依据，就算是与万历皇帝撕破脸也在所不惜。
从另一个角度来说，皇帝若是不遵循传统，就是不守三纲五常，不讲人性道德，他们绝不会容忍自己的皇帝成为反人伦纲常的急先锋，更不会容忍他拿国家的命运前途来开玩笑。
明代的文官天生有一副倔脾气，甚至不留情面地指责皇帝晋封郑贵妃是在为朱常洵立嗣铺路。因为按照惯例，应该先晋封皇长子朱常洛的生母恭妃为贵妃，更有人喊出了册立朱常洛为太子的政治口号。
在举国反对的浪潮声下，万历皇帝除了愤怒还是愤怒。他向朝臣们解释册封贵妃与立储没有任何关系，不要将这两件关联起来指责他。但这样的解释没人听得进去，在“无嫡立长”的法则的掣肘下，万历皇帝也不退让，坚决不立朱常洛为太子。
太子之位久拖未决，万历皇帝正是出于自己的利益考虑。他是想等皇后去世，郑贵妃便可升为皇后，然后立朱常洵为太子就可名正言顺。
持续三十余年的国本之争，给大明王朝带来了极大的杀伤力，在角逐中东林党的迅速崛起
从万历十四年直到万历四十八年朱常洛即位，尽管万历二十九年朱常洛被立为太子，但国本之争依然持续了三十四年，这给明代后期的政治生活带来了深远的影响。而且越到后来，性质也发生了根本的变化。那些打着维护传统礼法的官员大臣们的思想开始变得复杂，国本之争一定程度上成了政治游戏，逐渐沦为集团党争的工具。
国本之争到了万历二十二年(1594)开始变味，曾经极力反对万历皇帝的吏部郎中顾宪成去职，他在老家无锡的东林书院讲学，一些志同道合者迅速聚集，一时名声大躁。这为那些一心结党博取利益的官员，借着向万历皇帝发难的机会，扩张自己的政治利益。东林党的崛起彻底改变了王朝的命运走向。
进入东林书院的群体中，包括一些文人士子，也有一些在职的官员前往讲学。官员的不断参与使得东林书院成为紫禁城之外的另一个权力中心，那些低级别的官员加入其中是为了寻求政治庇护;而那些高级别官员则是为了能够形成对抗皇权与其他势力集团的党派。
明代尤其讲究道德，东林党人将自己冠以道德的化身。可历史证明，凡结党必会营私，更会破坏政治势力的平衡。东林党的出现无疑是将政治势力划线，圈中的是东林党人，自命为道德代表;圈外的是非东林党人，具体指的就是迎合皇帝的辅臣，他们被冠以小人。
东林党人抱团打压异己，同样那些受打击的人为了保护自己的政治利益也采取防范措施，一个攻守联盟就此形成。当时能够与东林党抗衡的另一个党派是浙党。时任首辅的沈一贯纠结京城中的浙江籍官员，形成浙党，他们与东林党人争锋相对，同时又拉拢阉党遥相呼应。
此外，势力稍弱的还有湖北籍官员组成的楚党，山东籍官员组成的齐党，另外还有宣党、昆党，他们大多依附浙党。由于国本之争拖延的时间太长，各党派之间的矛盾也越来越深。不论大事、小事，原则问题还是非原则问题，双方都会争执不休，权力系统被这些党争搞得乌烟瘴气，帝国的生命力也在逐渐流失。
朱常洛是在万历皇帝迫不得已的形势下才被立为太子的，但这只是名义上的，实际上充满了太多的未知，也给明朝的灭亡种下了祸根
万历二十九年(1601)，万历皇帝作出妥协让步，立皇长子朱常洛为太子。此时的太子年已二十岁。表面看来，国本之争似乎有了一个结果，可是斗争仍在继续。
万历皇帝一直都不认同这个太子，对他也十分冷淡。万历三十三年(1605)底，皇长孙朱由校出生，可他的降生并没有给万历皇帝带来一丝的喜悦，相反，这让朝臣们找到了一个更好的炒作话题。
万历四十三年(1615)，一位御史上奏：“皇长孙已十龄，未闻出阁，岂成燕翼之深谋?”意思是皇长孙都已经十岁了，还没有接受正式的教育，将来如何担当大任呢?这道奏疏被万历皇帝留中不发(即不表态)。这让朝臣浮想联翩，因为此前的朱常洛也是如此，万历皇帝迟迟不让他出阁读书。
历朝历代，对皇子尤其是太子的教育十分重视，都制定了一整套严格的制度，选拔当朝名士为师傅，尽心尽力培养未来的接班人。明代自朱元璋建国后，同样如此，规定了太子出阁的礼仪程序，但是却没有规定皇子入学的时间，这为万历皇帝提供了法律上的依据。
朱常洛出阁的时间一拖再拖，主要是因为他太子的身份始终悬而未决，而且他被立为太子后，因为受到冷落，也没有得到该有的教育机会。偏偏万历皇帝又是明代在位时间最久的皇帝，他不光耽误了朱常洛的教育机会，顺带着连朱由校也给耽误了，这也导致了天启皇帝朱由校成了明朝历史上大字不识几个的半文盲皇帝。
皇子入学时间越早，可塑性就越强，朱常洛因为在位不到一个月，并未给国家造成伤害。但皇长孙朱由校继位，即天启一朝，这种弊端就显献出来了。他倚重宫廷的保姆和太监，无视或者说是根本不懂如何治理这个国家，一心扑在自己的喜欢的木工活上，致使阉党势大，国家涂炭。
有因必有果，名实亡于万历这种说法并非没有根据，他自己的不作为其实还不算是最恶劣的，关键是他对自己的继承人始终抱着一种不负责任甚至是冷漠的态度，这才造成了大明王朝的衰落并灭亡。说到底，这就是国本之争留下的后遗症。