兴修水利，是清代康、雍、乾三朝一件非常重要的工程。当时水利建设的规模之大，参加民工人数之多花费资金之巨都是前所未有的。河工是当时主要的水利工程。黄河自从金章宗明昌五年(1194年)决口后，河道南移，由开封附近的黄陵岗折向东南，入江苏后经邳县、余州、宿迁至清口(今清江市)与淮河汇合而东流入海。
明清之际黄河年久失修，大量泥沙淤塞黄、淮下游河道，水流不畅，在砀山以下经常决口，大批民户和农田受灾，黄河水倒灌人洪泽湖，使洪泽湖水拉提高，洪泽湖下游的高家堰常被冲决，苏北一带常成泽国。经过康熙年间的大力修筑，使河南、安徽、江苏一带的被淹农田逐渐露出水面，水患相对减少。
但由于黄、淮合流，泥沙极易淤积，夏秋水势暴涨，不游宣泄不畅，康熙以后黄河仍多次决口，黄河下游地区居民仍然经常受灾。乾隆统治六十年间，河工的修理不断。如前所述，在六次南巡中，乾隆多次亲自阅视河防，听取地方上官员和群众意见，审阅施工河防图样，决定工程的计划，提出了一些合情合理的意见，对河工的修治起了积极作用，取得了比较显著的成绩。
乾隆时期全国兴建了很多中小型水利工程，修复和扩建了许多堤堰，整治了一些湖泊，疏浚了一些重要河道，使其为农业生产和交通贸易服务。康熙时治理过的永定河，乾隆时又经常发生水乾隆三十六年，永定河暴涨，“濒河田庐被潦”，乾隆任命高晋等“会勘利病所由，发帑五十余万金，大加疏筑，浃岁讫功，农臻倍稔。”乾隆亲写《阅永定河记》一文以志纪念。乾隆对全国各地凡他所知的大小水利工程提出了很多合理的科学的修治意见，表明了这位封建皇帝的远见卓识。
乾隆二十二年春，他南巡到杭州驻跸在西湖行宫时，了解到沿湖居民筑堤为荡养鱼，围湖造田种粮，致使西湖面积大大减少，不仅影响了风景，而且不能充发挥灌溉蓄水之效。乾隆谕令“嗣后不许再行侵占”地方官根据乾隆的指示，对西湖周围逐段勘丈，把湖岸凹凸不齐处悉行裁直，将淤浅沙滩开浚挖深，丈量西湖周围长二十一里二分，并于堤岸栽种柳树，以美观风景、坚固堤岸。工程完毕后，地方官在湖岸四周竖立石碑;以后如有侵占，立即“刨挖归湖”，“照强占官湖律严加治罪。乾隆治理西湖的措施，是符合广大劳动人民的根本利益的，所以取得了较好的效果。