在蒙元的历史研究中，军事似乎是个不能避开的话题，从12时期后期一直到13世纪，将近一个世纪的时间，统一了蒙古高原、中原大地，逐步征服了半个世界，无论是统一中原，还是统一大半个亚欧大陆，强悍的军事能力一直是蒙元强国崛起的核心要素。
在元军军制当中，有一比较特殊的军队，它是忽必烈直接掌握和控制的一支军队，也是他和阿里不哥争夺皇位过程中发挥重要作用的军队，它在朝政中发挥了巨大的作用，在一定程度上和统治者的决策相互决定又相互影响，这便是元朝的侍卫亲军。
它是蒙古统治者进入中原以后仿制中原王朝军队而建立起的一个中央卫军组织，后来逐渐成为元朝比较重要的军事组织形式，在维护君主专制统治起到很重要的作用。
作为是京城主力军，万一管理不善，会出现很大的矛盾，甚至是威胁皇位，有人也指出，元朝最混乱的恰恰便是军政，在政治斗争中也起了比较大的作用。
侍卫亲军的建制
武卫军
这是侍卫亲军的雏形，因为蒙哥去世以后出现了阿里不哥和忽必烈对峙的局面，谁能当皇帝，谁能取得这场军事斗争的胜利似乎成为了当时的焦点。
面临这个复杂的政治、经济形势，军队仿佛是最为重要的，隶属于皇帝的军事力量则更为重要。
忽必烈有自己的怯薛军，但是蒙古的军队和忽必烈之间的关系不是直接隶属的。镇守中原的探马赤军也大都已经解散，所以忽必烈依靠的军事力量也是屈指可数，而中原汉人世侯武装“大者五六万、小者不下二三万，彪将劲卒，荏习兵革，骑射驰突，视蒙古回鹘尤为猛鸷” ，虽然他们支持忽必烈称帝，但是这是一支私人武装，并且还是汉人军队，所以用来巩固皇位并不容易。
为此，忽必烈仿照中原的传统，组织了禁卫军—武卫军，这便是侍卫亲军的雏形，而入选禁卫军的也多是汉人的军队。
谕武卫军都指挥使李伯祐汰本军疲劳者，选精锐代之”，“以宋降将王青为总管，教武卫军习射”。
这是由皇帝亲自管辖的军队属于皇帝的私人军队，主要职能便是为皇帝服务，巩固政权，并且在平定叛乱和与阿里不哥的斗争中起了很大的作用。
汉卫
汉卫是改编后的武卫军，至元元年十月，武卫军开始改变为侍卫亲军，并且开始扩大规模，而侍卫亲军开始以民族分为若干单位，汉卫则是补充汉军而形成了，到了中后期，又陆续增设了几个汉卫组织。
至元十六年增设了五卫指挥司，由原来的三卫扩充了前后左中右五卫，并开始扩充军队，除了征兵以外，南宋的降军也成为主要来源，五卫也是侍卫亲军中人数最多的一支，四月“诏谕扬州行中书省，选南军精锐者二万人入充侍卫军”。五卫的每卫平均人数也都在一万以上。
在至元十六年设虎贲卫，专门管理屯田事宜，后来又调动了军队在上都屯田，慢慢增至万人以上，也是元代唯一建在上都的军队。、
此外还有武卫，大同侍卫，海口侍卫等等都是汉人卫军。
色目卫
色目卫，从名字可以看出来，色目卫是色目人组成的军队。在蒙古西征的过程中，有大量的西域民族开始东迁，各部族的首领也带领本部的人民参与到蒙古军队，蒙古征服的民族也有强制入伍的情况，元朝开始也按照民族的情况将他们分为“回回军”“哈剌鲁军”“阿儿浑军”等等。后来将这些侍卫亲军称为色目卫，后来元代设置了13个色目卫军。
色目卫分为唐兀卫、钦察卫、龙翊卫、哈剌鲁万户府、贵赤卫、西域卫、康里卫、隆镇卫、宣忠斡罗斯扈卫等等十几个组织。
唐兀卫是最早建立的色目卫，成吉思汗攻破西夏，后被编入的军队称为唐兀军，至元十八年，阿沙奏曰“今年春，奉命总领河西军三千人，但其所带虎符金牌者甚重，征伐之重，若无官署，何以防闲之”，枢密院设立了指挥司，人数虽然不多，但是起的作用还是比较大的。
钦察卫是钦察各个部族建立的军队组织形式，，“钦察人在 1222 年以前当成吉思汗的卫官们尚未侵寇时，一直是俄罗斯草原上的主人翁”。后投降蒙古军，俄罗斯草原上的军队，自然以善战著称，所以钦察卫在灭宋，平定叛乱的过程中也立下了赫赫战功，他们的首领也受到了忽必烈的赏识，到了至元二十三年，朝廷正式设立了钦察侍卫亲军。
这些都是元朝除了汉人和蒙古人之外的少数民族的组成为侍卫亲军。
还有蒙古卫，虽然是蒙古人组成的侍卫亲军，但是人数有限，并且留在中原地区的并不多，作用甚微。
后宫、东宫卫，从名字可以得知，东宫卫是太子的卫军组织。
从元代初年的武卫军开始，到侍卫亲军正式形成，设置的侍卫亲军组织多达31卫，虽然情况比较复杂，但是汉人军队比例高达百分之六十以上，他们的设立也影响了统治者的思想倾向，和统治者相互影响。
侍卫亲军的职能
侍卫亲军从其雏形武卫军开始呈一个不断发展且不断完善的过程，开始的武卫军是以扈从和征战为主，到了后来的色目卫，汉卫，蒙古卫，东宫卫等，各都有了比较明确的分工组织形式。
保卫皇城
首先其职能是戍守京师，这本来就是侍卫亲军建立的初衷，为了保卫京师，守卫政权，维护统治者的专制统治。怯薛是负责宫城的防卫，侍卫亲军则需要防卫的整个京城，像是城门的防守，城内巡逻，皇帝行宫的防守，皇帝出行时的护卫工作，像是在仁宗皇庆元年，皇帝巡幸上都“每岁既幸上都，于各宿卫中留卫士三百七十人以备巡逻，今岁多盗贼，宜增百人，以严守御”，朝廷的主要防御系统迁到了上都，大都仍旧有禁卫军守护。
其次的职能便是扈从，忽必烈建立上都作为其避暑的场所，扈从皇帝巡幸上都也成为侍卫亲军的主要职责之一，并且去上都是每年必须要干的事情，从后妃到皇帝，每次去上都都可以是一场大迁徙，而这个迁徙的过程也需要侍卫亲军的扈从，皇帝的后妃等是怯薛护送，而大规模的这个队伍的保护则是由侍卫亲军来负责，这个职能也是随着上都行宫被农民起义军的焚毁的被迫结束。
征战四方
侍卫亲军最主要
的职能便是征战，其雏形武卫军便是在这一背景下建立起来的，忽必烈刚刚继位的时候便面临着与阿里不哥的斗争，不直接隶属于他的军队使他在这场战争中出于一个比较劣势的地位，所以，为了稳固其皇位，最主要的是建立直接属于忽必烈管辖的军队，所以武卫军成立的主要作用便是和阿里不哥的战争还有平定李璮之乱。征战也是其主要职能。
正式建立侍卫亲军之后，其职能和分工也更加明确了，主要职能还是征战，但是大致分为几个方面。
首先便是攻宋，侍卫亲军开始成为攻击宋军的主力军。
在至元六年：
“诏董文炳率兵二万二千人南征”、“从攻襄阳，殁于阵。”
卫亲军也逐渐成为攻宋的主力军，在灭宋战争中起了很大的作用。
其次便是平叛，政权虽然稳定，但是诸王叛乱还有各种起义军使得大元王朝面临了重重危机，而侍卫亲军的另一作用便是平定叛乱，像是至元十四年的乃颜之乱，忽必烈率军亲征，五卫汉军成为他取胜的关键。
除了诸王战争，还有农民起义军，南方的农民起义的镇压也是侍卫亲军征讨。
纵观整个元朝是一部军事战争史，而对外战争也是一主要形式。征躭罗和征日本的战争主要是由侍卫亲军参与的。
征躭罗“诏郑温统蒙古、汉人、女直、高丽诸军万人，渡海征躭罗，平之”。征日本是在至元十年，南宋旧军进入侍卫亲军，成为主要参与征战日本的主要军事组织，到至元二十年，第二次出征日本“发五卫汉军二万人征日本”。
侍卫亲军的影响
侍卫亲军最初的建立是为了建立一支直属于皇帝的中央禁卫军，他们的建立标志着元朝军队开始国家化，在征战阿里不哥和李璮之乱的过程中，作用比较明显，元中期的侍卫亲军趋于完善，对于巩固统治，平定叛乱等方面发挥了巨大的作用，也弥补了怯薛的不足，但是“能否有效的控制禁卫军权以及以何种方式进行控制，是衡量专职君权强弱兴衰的一个重要标准”，侍卫亲军的成立也对政治斗争和宫廷斗争产生了比较大的影响。
前期的侍卫亲军，面对当时比较严峻的政治和军事环境下形成的，所以这个时期的中央禁卫军的作用对于元朝政治军事的作用也是积极的，并慢慢取代了怯薛成为中坚力量。那王诛杀阿合马事件，成为了侍卫亲军的重要转折点，这个事件，汉族侍卫亲军统领被牵扯进去，忽必烈开始对汉人产生了怀疑，而色目人开始在元朝政治中扮演重要角色，在色目权臣的控制下，元朝宫廷也开始了瞬息万变的宫廷斗争。
此外东宫卫也成为了宫廷斗争的工具，因为蒙古母系社会的原因，妇女的地位较之封建社会的汉族妇女要高的多，所以帝后额矛盾也成为当时的一个重要矛盾，东宫卫变为了后宫卫，侍卫亲军已改变了原来的初衷，参与到了政治斗争当中。
全国统一以后，侍卫亲军有增无减，军队里面也开始增长腐败之风，他们养尊处优，依仗着直接为皇帝服务而被朝臣拉拢，随着战事的减少，军事训练也日加懈怠，战斗力丧失，新加入的亲军目的早就不是为了戍守宫廷，保卫大都，而是为了得到一份比较稳定的工作，这就极易增长腐败之风气，军队也开始游手好闲，长期缺乏训练，弊端百出，这样的军队是必然要走向衰亡的。
“至于武事，略之不讲，但以飞觞为飞炮，酒令为军令，肉阵为军阵，讴歌为凯歌，兵阵于是不修世久矣”
在反元战争中，侍卫亲军在早就丧失战斗力的情况下，也逐渐衰亡，至正二十八年，明军攻陷元大都，1370年，明军袭击应昌府，皇太子逃走，侍卫亲军自此被彻底消灭。