我们否定了杀几万人的可能，其原因就在于朱元璋制定的处罚原则是：正印官杀，副印官、印务委员等棒打后发配。
如果，朱元璋是位说话算数的人，不对“行政部门”中的“征税人员”进行扩大化的话，从当时的省市县(布政使司、知府知州、知县)的数量上看，就根本不可能达到万人。而且实际工作状态中，又不是所有省市县相关人员被杀。
因为对此没有明确答案，我也不敢妄说涉不涉及。限于史料，想查到在洪武九年知府一层的资料就很难了。没有资料空想就难了。
薛祥在洪武八年，“镇物案”发生后，建造凤阳宫殿的所有工匠都要被杀掉，正是他挺身而出帮助朱元璋少杀了数千铁匠、石匠的工匠。他就没有受“空印案”影响。但最终薛祥也没有逃过朱元璋的魔掌，最终坐累“胡维庸案”被杖杀，天下百姓为之摇头叹息。
详见“李善长告密后朱元璋停止凤阳建都，除铁石匠外所有工匠被杀”(链接附后)。
从薛祥的经历看，朱元璋在所谓的反腐过程中的问题太多，冤杀比重太重。
“空印案”是冤案确属无疑，交公粮的程序问题太严重
因为洪武九年1376年天象异变——星变，朱元璋要求天下人建言，建言内容非常多，包括方方面面。郑士利因为哥哥郑士元(1334-1380年)担任过河南怀庆府同知、湖广按察司佥事等官职属于副印官。按照朱元璋的规矩，被责打后准备发配。
那时，郑士元正因为“空印案”被投入监狱中。但他并非主印官员，郑士利认为把他的哥哥抓起来投入监狱是不对的，因此，借助“星变建言”的机会向朱元璋投书。我们可以从方孝孺对郑士利的记录和《明史》去看他的上书。
简单地说，“空印案”就是各县市省给国家交公粮，朱元璋时期的财政收入主体就是这些公粮和布棉茶叶马匹等，因此非常重要。
县交到市、市交到省，省派人拿着交多少的公粮的说明，也就是“印纸”来到部里(户部)，一定要写清楚：你交来多少粟子、多少小米等等，多少袋子儿、每个袋子多少斤都要写清楚，不允许有任何不同，有你就得重新回去重新填写再来户部报批。户部经过审核盖章、签数字，然后，再由省派人拿回。
因为，省府离南京户部太远，来往时间最短也要大半年。所以，为了方便、快速工作，省里就先行盖章，但是数字却不写，等户部查完了再填上。
朱元璋认为：这里面就给省里的官吏带来了贪腐的可能，我们考虑一下，这个确实呀。但问题是：凡有这种思想的人，大多是不懂实际工作的人。
因为，实际工作中：省里和部里的粮食量就不可能相同!
原因是什么呢?那就是虫鼠鸟撒等多方面“亏漏”。虫子吃、老鼠啃、鸟啄、运载工具出现问题丢撒等等，这些都会造成粮食缺失，那实际情况交公粮势必就是：县最多、市次多、省再次、部合规。
比如吧，国家要求你交100斤粮食，省里就得准备120斤、市里就得准备130斤、县里就得准备132斤。这个粮食顺讯才是对的。
但具体多少数量谁能确定呢?虫鼠鸟撒都是不可控因素。有时候，如果贪腐确实出现在这里面，但请注意这些都是省里以下范围贪腐，到不了中央层面。
一般来说，多余的粮食量需要多少找要靠交公粮的人的经验，一般有个几年的时间就能估计出来这个损耗。所以，郑士利说的官吏的从政经验是宝贵的，这点不是瞎说。
“空印”的做法，从元朝就开始了，地方官员们(主要是汉人)就是利用这种形式交差，延续到明初朱元璋时期，一直就没有人管这件事儿。朱元璋之后其实也没人管。
郑士利为“空印者”叫屈!
郑士利对于“空印”这样解释：
第一：万岁要治空印者，“恐奸吏得挟空印纸，为文移以虐民耳。”这是给朱元璋台阶下，接着郑士利说“夫文移必完印乃可。今考较书策，乃合两缝印，非一印一纸比。纵得之，亦不能行，况不可得乎?钱谷之数，府必合省，省必合部，数难悬决，至部乃定。”
简单地说，章盖的是“骑缝章”不是一印一章，你盖了也没用。至于双方的贪腐行为，市省部三方都是要各自查对，其数量不可能被决定。
第二：这种权宜之事只是一种工作方便，由来已久，国家一直没有立法，人们都是相袭而行。
第三：国家立法，必先明示天下而后罪犯法者，以其故犯也。什么叫犯法?就是你先告诉人家这是犯法!不是，人家刚干完一件事儿，你就说犯法了，然后在立法!
第四：通达廉明之士，非如草菅然，可刈而复生也。朝廷官员不是草，宰了还能再生，官到郡守都是几十年辛劳得来的，从政经验很足，杀了实在可惜。
郑士利说的这些都在理，但问题是朱元璋是从农村基层出来的，这些事情可能起初他不懂，但是，郑士利说完之后，他还能不懂。
首先，他愤怒的是“中央朝廷”官员，为什么不跟自己说这些呢?问题是他也不想想，你盛怒下谁敢说呢?其次，也是更重要的是，他想借机打击一批人!这批人就是：元朝降臣以及反元过程中，朱元璋的敌人。
也就是郑士利在从具体工作道理、法律、人情上讲事情的对错。朱元璋则是在从用什么人角度管理国家，才能保证大明江山的角度考虑问题。
两人基本属于鸡同鸭讲，各说各话。