元末农民战争，北方红巾军之所以功败垂成，主要是三路北伐缺乏统一指挥，各路大军互不协调，没有明确的战略思想。加之主力远离中原，后方空虚，汴梁为元军袭取，使形势急转直下进入低潮。刘福通所领导的北伐虽然未取得预想目的，但其横扫元统治的北部广大地区，沉重打击了元军主力，为南方各起义军的发展以及最后推翻元王朝创造和奠定了条件和基础。朱元璋趁元军疲于对付北方红巾军，无暇南顾之机，采取一系列有效措施，逐渐发展壮大起来。采取先西后东，先强后弱的战略，在具体作战中，稳步推进，集中优势兵力，先剪枝叶，然后动摇其根本，从而削平群雄统一了江南，为北上灭元奠定了雄厚的物质基础和军事基础。
元末农民起义的主要问题有：
1、起义军内部不团结。红巾军旗号虽多，但是大都不服调遣，就像徐寿辉，张士诚，名义上是起义军，但是只顾自己抢地盘，根本不配合北方军的行动北伐，各自为战的结果是只有北方红巾军迎战元军，甚至还相互攻打;
2、起义军发展太快，没有自己的地盘。尤其是北方起义军虽然占了江淮一带，但是根据地不稳固，而且南方的起义军不支援他们，等于是以江淮之力对抗北方元军，实力上受了影响;
3、北方军有白莲教背景，被儒家视为异端。所以之后朱元璋把白莲教称为异教这有很大原因。
北方起义军是失败了。但是南方以朱元璋陈友谅的起义军还没失败，当时他们两大势力是南方的主要势力，不管谁战胜都将一统南方，以南方之力对抗当时四分五裂的北方元军都将统一天下，之所以朱元璋胜利那是军事上的战术问题了。本来朱元璋只在应天府江苏江西一带，但是打败陈友谅，两湖在其手中，本来他是兵精，如今粮也足了，南方已在其手，之后抓准时机，乘北方元军内部自相残杀之即，假道山东，直取大都水到渠成了，这其中很大的缘故在于，南方当时已经是中国经济的重心，南方包括江淮在朱元璋手中、元军已经没了粮饷的来源，尤其当时明军已经拥有火器和大量的骑兵，本来北方对南方最有利的骑兵优势也不复存在了。加上民族矛盾，元朝之灭在所难免。