俗话常说“鲤鱼跳龙门”，这是比喻鲤鱼喜欢跳水的习性。鲤鱼和其它许多鱼都喜欢跳水。不同的鱼跳水的本领也不同。有的鱼跳得很高，如有一种叫做“跳鱼”的鱼，它能跳离水面四至五米，可以说是鱼中的“跳高冠军”。鲤鱼有时也能跳出水面一米以上。
鲟鱼到龙门不是为“腾跃成龙”，而是为了繁衍后代。四川省长江水产资源调查组著的《长江鲟鱼类生物学及人工繁殖研究》一书称：鲟鱼产卵“多在江河上游，水温较低，流速较大，流态复杂，河道宽窄相间并具石砾底质的急滩地带”。而山、陕两省交界处的龙门一带正具有以上地貌特征，因而成为鲟鱼云集产卵的一个理想场所。
“龙门赤河”现象则因为鲟鱼产卵前雌雄追逐，时常跃出水面。每年春天大批鲟鱼回游至龙门穴洞之处集结，并且在临产卵前两三天内频繁跳跃。跃出水面时，鲟鱼充血发红的鱼鳍也露出水面，一时间成千上万条大鱼在河面翻动，远望一片红光，于是出现了“赤河”景象。因鱼多故可长达数里，亦可持续数日，即形成了“赤河三日”“赤河三里”的特异现象。
当鱼从水中被捞上来时，也会乱蹦乱跳，其原因是鱼在水中游动时，全身的肌肉总是一伸一缩，摇头摆尾，才能使它在水中前进。当它刚离开水时，仍然像在水里一样，做着同样的动作，但是因为没有受到水的阻力，所以摇动的动作就特别大，这时如果碰到如地面，船板等比较坚实的物体，就出现了乱蹦乱跳的现象。
其实，以现代科学即可破解“鲤鱼跃龙门”这个谜团：这里说的“鲤鱼”实际是“鲔鱼”，或称“鳣鱼”，又叫“鳇鱼”或“黄鱼”，也就是鲟鱼。鲟鱼是江海回游性的鱼类，体长约两米，最大可长5米以上。我国珍稀动物中华鲟、东北鲟、长江鲟即是这类鱼。由于古代大鲤亦名“鳣”，故古人将“鲔鳣”与大鲤相混，传为“鲤鱼跃龙门”。
《竹书纪年》是战国末期魏国史官的作品，书中“龙门赤河”的记载，说明当时“鲤鱼跃龙门”的神话故事还未形成。而“鱼化为龙”的记载多出自汉代典籍，故神话故事的形成当在西汉初年，且可能与汉初神龙崇拜观念强化有关。