质子制度是伴随羁縻制度的发展到达巅峰的，因此它的兴衰与羁縻制度的兴衰有着密不可分的关系。
明清时期，质子制度的衰亡，是由于中央政府对少数民族地区实行“改土归流”的政策，改变了原来的羁縻制度，加强了中央集权，使得质子制度逐渐退出了历史的舞台。
明清之前的统治者，对少数民族衽因俗而治的羁縻制度，分封少数民族地区的首领为国王，实行国王对少数民族地区的世袭统治。为了保证他们的忠诚，所以要求他们向中央政府派出质子，做为臣服中央的一种手段，来达到中央王朝对这些政权的宗主身份。
但是明清两朝，中央政府对许多少数民族地区派出流官，废除了少数民族首领的世袭制度，在这些地区设置府、州、县，这些地区同王朝的其他地区一样，成为中央直接管理的地方政府，再也不需要用“质子”这种手段来巩固统治。
所以在土官被废除之后，质子制度就成了无源之水，没有了存在的基础，自然也就退出了历史舞台。
不过清朝对蒙古王公子弟实行的“内廷教养”制度，可以看做质子制度的一种变通。蒙古的王公子弟十五岁就要送到理藩院，与清朝的皇子们一起接受教育，是清朝统治者笼络蒙古人的一种手段，强化了清朝和蒙古各部落的联系和控制，密切了双方的关系，对北部边疆的稳定起到了重要的作用。
质子制度在民族关系的历史上起过重要作用，它推动了各民族之间的和平，给定了边疆的安宁，在不同民族之间传播了文化，为中华民族的大融合和不同民族间政治、经济、文化交流都做出过贡献，甚至有些质子还为缓和民族矛盾、解决民族冲突献出了自己的生命，这都是我们不应该忘记的。