雍和宫原址为明太监官房。康熙三十三年(1694)始建，初为雍亲王府。雍正即位后，将其中的一半改为黄教上院，另一半作为行宫，后行宫为火所焚，遂于雍正三年(1725)年将上院改为行宫，称“雍和宫”。
雍正十三年(1735)，雍正帝曾停灵于此，宫中主要殿堂的绿琉璃筒瓦均换为黄琉璃筒瓦。
乾隆九年(1744)，雍和宫改作正式的藏传佛教的寺庙，并成为清政府掌管全国藏传佛教事务的中心。
解放后，政府于1950年、1952年、1979年，进行全面修整，并于1961年公布为全国重点文物保护单位。1981年对外开放。
1957年10月北京市人民委员会公布了包括雍和宫在内的北京市第一批39个文物保护单位。
1961年3月，雍和宫被国务院列为全国第一批国家重点文物保护单位。
雍和宫与雍正皇帝的故事
雍和宫是北京市内最大的藏传格鲁派佛教寺院，始建于清朝康熙33年(公元1694年)，因雍亲王(雍正皇帝)即位前曾在这里居住，又称为雍亲王府。雍正三年(公元1725年)，改王府为行宫，又称雍和宫。雍正十三年(公元1735年)，雍正驾崩，灵柩曾在这里停放，因雍正皇帝在这里生活、乾隆皇帝在这里诞生，雍和宫一连出了两位皇帝，所以这里的宫殿外形皆为黄瓦红墙，与紫禁城皇宫规格一致。
说到雍和宫，不得不谈一谈雍正皇帝。和清朝其余皇帝相比，雍正是一个双重性格的角色，性格有点和明太祖朱元璋类似，他祛除了满族的许多特权，但也杀了很多人，还设立了臭名昭著的特务机关“粘杆处”，而雍和宫就是“粘杆处”的署衙。雍正死后，他的儿子乾隆皇帝因为觉得雍正生前杀业太重，在咨询了西藏的章嘉活佛以后，遂将雍和宫改为黄教(格鲁派)的寺院，希望用“借舍宅为寺”的功德超度雍正的在天之灵。