妖书案是晚明历史中的悬案，万历二十六年(1598年)和三十一年(1603年)分别发生过一次。第一次妖书案由于万历皇帝故意轻描淡写地处理，并未引起政坛的震动;而第二次妖书案牵连甚广，一度引起了晚明朝局的混乱。
追溯妖书案发生的原因，一般将其归咎于“国本之争”。早先有个官员曾经写过一本《闺范图说》，被皇帝赐给了郑贵妃，郑贵妃让人把这本书刊刻出来。这本是一件很小的事情，但在很多年以后却被人拿出来做文章：有人托名为《闺范图说》写了一篇跋，又叫《忧危竑议》，在京中广为流传。而这篇文章的内容，就有点意思了。
《闺范图说》本是一本记载各代皇妃故事的书，而这篇文章表示，《闺范图说》第一篇就写的是东汉马皇后从宫女进位为皇后，就是暗喻郑贵妃;而郑贵妃让人刊刻出来，摆明了就是要学马皇后!这篇文章的作者托名为“朱东吉”，东吉指的就是东宫，此时是万历二十六年(1598年)，太子未定。因此，这篇文章的寓意就很有意思了。
此文一出，立刻传得满城都是。官府立刻就将其定性为“妖书”。万历皇帝大发雷霆，可又苦于根本找不到证据抓人，只好胡乱抓了两个小官扣了个罪名，草草结案。这就是第一次妖书案的过程。
妖书案后，经过反复的博弈，皇长子朱常洛终于被册立为太子。而在从申时行开始就因为东宫的问题和皇帝博弈无数次的内阁，也终于换成了沈一贯、朱赓和沈鲤三人坐镇。
万历三十一年(1603年)，《忧危竑议》又出了续集。在《续忧危竑议》中，作者提出：皇帝立皇长子为太子是不得已，迟早要换人。之所以要用朱赓做，就是这个意思(赓谐音更，姓朱的要换人了)。而这篇文章的作者署名郑福成，恰好郑贵妃的儿子就是福王，取这个化名的意思昭然若揭：郑贵妃的福王要成事了!
妖书案风云再起，矛头不仅对准了郑贵妃，更把内阁置于火力点下。朱赓本是个来凑数的，但他背后的首辅沈一贯却决不可小觑。此人和内阁中的另一位成员沈鲤关系极差，非常想把他挤出去，于是便借此机会大做文章。
突破点很快就找到了沈鲤的门生郭正域的头上，还顺便牵连了名僧紫柏大师和医生沈令誉。几人都遭到严刑拷打，甚至连沈令誉的小女儿都被带到东厂去接受调查。万历皇帝要求朝中严查妖书的作者。
终于，一位叫皦生光的秀才落网。他仗着有点文化，经常靠耍文字游戏勒索一些权贵，这其中就包括郑贵妃的弟弟郑国泰。然而在各种刑具的逼供之下，皦生光都拒绝承认自己是写的妖书，案件又陷入了死胡同。
其实不仅是皦生光本人，就连非常想搞事情的沈一贯都不相信这种对朝政如此清楚的文章是一个秀才写的。但是万历皇帝明显不想再折腾下去了，他下令迅速处死皦生光，匆匆了结“妖书案”。
以上就是第二次妖书案的全部经过，扑朔迷离曲折离奇。至今都无法确定到底是谁作的妖书，皦生光到底是给谁当的替死鬼。因为这一案件中的台前的主要人物——沈一贯，实在不是个省油的灯。
妖书为何要提朱赓，已经无从知晓。但是沈一贯为朱赓出头，绝不仅仅因为他和朱赓关系好，很重要的原因是他们是浙江人。这是他作为浙江人对其他地方人的反击。
看似两次妖书案都与“国本之争”息息相关，但这两次影响晚明政局的事件仅仅是由于立太子一事吗?不尽其然。第二次妖书案更能体现出此案背后牵连的党争势力。
第二次妖书案，从《刑部奏议》的审讯记录来看，该案可分为皦生光案、周嘉庆案、胡化案、达观案、沈令誉案和毛尚文案。这几个人看似毫无联系，实则基本都牵连到了当时朝中的党争势力。毛尚文是郭正域的同乡。沈令誉是医生，因为给郭正域家人治病，从而参与了郭正域进行的政治活动，并在这些活动中充当了郭正域与外界联系的信使。胡化是湖北荆门的一个小官，妖书案发生时，他正在京师寻找机会上告州官阮上卿等人，因形迹可疑被捕。他与郭正域为同乡同年。达观，万历年间到达京师，结交名僧。二十七年，为营救南康太守吴宝秀进京，在京的行为被许多执政者所不容。被逮捕是因为与沈令誉有关。因为达观交游于京师时，沈令誉是其随从之一。周嘉庆是锦衣卫督，是唯一一位被卷入并受到严刑拷训的任官，他的被卷入，直接源于同官之间的争权，进而成为当时不同政派之间的直接牺牲品。唯一与党争势力关系不大的是皦生光，他作为一个“斥员”，靠诈骗营生，将其称之为无赖丝毫不为过。
统观这六人，除了皦生光，他在党争中起的作用十分有限，是妖书案的间接牺牲品。其余人与郭正域或多或少都有关系，他们被卷入的背后有着清晰的政治关系链。由此可见，妖书案影响甚广的一个重要原因是党争。第二次妖书案发生的时候，是以沈一贯为首的首辅集团与沈鲤为首的次辅集团斗争的时候，沈一贯为了排挤沈鲤、郭正域等人，便指使党羽将与郭正域有关的人网罗进案中，以此来增强自己的实力。
两次妖书案虽然都与“国本之争”有关，但究其实质而言，仍是晚明党争的另一种形式。