两者之间看似相同，但本质上却并不相同，这从“三省六部制”和“三权分立”设立的初衷和目的来看就是背道而驰的两种制度，譬如“三省六部”的设立是为了分割相权，加强中央集权(或不如说加强君权)，而“三权分立”是为了防止独裁者的诞生，因此将权力分割。
所以两种制度之间只有一字之差，无论是三省六部制还是内阁制度，这些都并不是为了削弱皇权，恰恰都是为了加强君主集权，而西方的议会和三权分立则是为了削弱皇权，所以它是分权，一个体现为集权，一个表现为分权。
三权分立是指把司法权、行政权和立法权剥离开来，使其相互独立，互不统辖，这一点只有美国较为严格的执行了。而在其他君主国家大多采用的是议会制，而与美国的总统制不同的是，议会制下行政权和立法权并不剥离，都集中于议会制中，而议会中谁占据多数席位，那么也就称为执政党。
然而不管是总统制还是议会制，其目的都是为了限制独裁者或王权过大的现象，而不管是“三省六部制”还是“三权分立”其本质上都是对权力资源的恰当分配和调整。从亚里士多德时代开始，对于权力的思考就已经成为政治研究的一个主要潮流。
在自己的著作《政治学·卷四政体的种类》中，亚里士多德首次把国家权力划分为议事权、行政权和审判权，即“政体三要素”，并认为防止国家动乱的根本在于对权力的调配和转移。在此基础上，英国思想家洛克在《政府论·论国家的立法权、执行权和对外权》中详细阐述并把国家权力划分为立法权、执行权和对外权。
三省六部和三权分立的最大差异就是：三省六部是分化下级机构的行政权力，但却集中了君主的权力，所以中国古代王朝的历代官制改革都并不是为了建立一个民主国家，而是建立一个拥有“一言九鼎”之权势的君主专制国家。
为了把国家的一切权力集中在自己手中，中国古代王朝的皇帝绞尽脑汁的尝试削弱下级官署和机构的权力，从而把一切权力集中在自己手中。所以，三省六部的本质上是为了加强君权，从分封制的废除到郡县制的建立，从三省六部到宋代的官制改革，再到明清两朝废除丞相，设立内阁和军机处，实际上这种种的举措都是为了加强君主集权。
经过数千年的摸索和斗争，在明清两朝君主集权达到了巅峰，嘉靖和万历几十年不上朝也不必担心自己的权力被架空，因为军政决策权掌握在皇帝手中，内阁只有议事权，但没有决策权，包括官员人事的任免也掌握在皇帝手中。