元朝泰定帝时，河南的白莲教头目赵丑厮和郭菩萨以传教为手段，组织教众反蒙古人统治。朝廷闻讯赶紧抓捕这两人。赵丑厮、郭菩萨躲了几个月，终被抓住杀掉了。其余骨干成员被流放。
元顺帝时，河南周口人胡闰儿自称是“李老君”的儿子下凡(老子李耳)，聚百余众烧香起事造反，周边一些白莲教组织纷纷响应。这次起义前后持续了一年时间，即被歼灭。胡闰儿被俘，然后杀掉了。与胡闰儿的白莲教起义差后几个月，江西宜春人彭莹玉也组织白莲教起事了。
彭莹玉推选大弟子周子旺担任起义领袖，统领5000余名教众。彭莹玉、周子旺起义占领了江西袁州府，并立即建立政教合一的“大周国”，周子旺登基为“周王”，实际上彭莹玉成了太上皇。
神秘组织白莲教：永远走在革命造反的前沿
当时，北方的红巾军起事也搞的如火如荼，由韩山童、刘福通等人领导。红巾军的组成人员十分复杂，里面有白莲教徒，也有弥勒教徒，以及摩尼教徒等等(明教)，还有大量的穷苦农民、流民等等。
彭莹玉为了响应红巾军，全国一片红赶走蒙古人，他们也自称红巾军。所以后世称彭莹玉为“南派红巾军”创始人，就是这样来的。
毕竟彭莹玉、周子旺所处袁州地盘太小，也未与北方红巾军势力连接起来，后来便被官军大举镇压给围剿了。周子旺被俘杀掉，彭莹玉带着一些弟子出逃成功。
逃掉的彭莹玉转战湖北江西等地继续反元事业，十几年后在江西高安被元朝官军杀死。“南派红巾军”这一支终究没能发展起来。
而正主北方的红巾军则一路做大。韩山童战死后，其弟子刘福通立他的儿子韩林儿为“小明王”。
从某种意义上说，白莲教对明朝建立是有功的，当年很多红巾军都是白莲教徒。但在中国古代君主专制集权的社会里，是不可能允许民间存在白莲教这种小共同体的，它始终对朝廷是一个威胁。从“周秦之变”开始即已注定了。法家思维的郡县制就是朝廷必须一竿子插到底，打散民间小共同体。