元朝是被起义军朱元璋等灭亡的。元朝后期，统治者不断向人民收取各种名目繁杂的赋税，人民被压迫被掠夺更为严重。早在泰定二年(1325年)就发生了河南赵丑厮、郭菩萨领导的起义。
元惠宗至正十一年(1351年)发生刘福通红巾军起义，元朝统治阶级内部却在为争权夺利而互相征战，因此加速了元朝灭亡的进程。
至正十六年(1356年)到至正十九年(1359年)，起义军朱元璋不断扩充自己的势力，占领了江南的半壁江山。
至正二十七年(1367年)，朱元璋开始北伐，在大将徐达、常遇春等的率领下，于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，元朝在全中国的统治结束。
洪武三十一年(1399年)，分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认脱古思帖木儿之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于建文四年(1402年)被鬼力赤杀死，改称鞑靼。去国号，元朝正式灭亡。
元朝单单凭借着军事优势而欲支配诸国人民，在丧失其优越条件之后，立刻就被逐出了占领地。就连在忽必烈汗的领导之下所建造的大都亦无法守住，被逼回原本故乡所在之北方草原。从此以后，大蒙古帝国再也不曾复活。诸国之人民亦不愿此事发生。