努尔哈赤病逝之时，身后还有代善、阿拜、汤古代、莽古尔泰、塔拜、阿巴泰、皇太极、巴布泰、德格类、阿济格、巴布海、赖慕布、多尔衮、多铎、费扬果共十五个儿子(长子褚英已遭处死)。而皇太极是努尔哈赤第八子，为何能继位，各方史籍说法不一。皇太极继承大汗位置后与其他三位亲王一同主持朝政，被称为四大贝勒时期。大贝勒礼亲王代善，二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极。统称为“四大贝勒”。
皇太极看到国家的弊政，从而固本维新，进行改革。皇太极的固本维新，采取了政治、军事、经济、民族、八旗、外事等多方面的措施，这里主要介绍他调整对汉人的政策——汉民、汉官、汉军、汉儒、汉制的“固本维新”之策。皇太极对后金的政权架构，仿效明制，设立内三院(内国史院、内秘书院、内弘文院)、六部(吏、户、礼、兵、刑、工)、两衙门(都察院、理藩院)，形成所谓“三院六部二衙门”的政府架构，基本完善了政府组织的体制和架构。
皇太极提出“治国之要，莫先安民”，强调满洲、蒙古、汉人之间的关系“譬诸五味，调剂贵得其宜”。他决定：汉人壮丁，分屯别居;汉族降人，编为民户;攻陷城池，不杀降民;善待逃人，放宽惩治“民皆大悦，逃者皆止”。汉官汉官原从属满洲大臣，自己的马不能骑、畜不能用、田不能耕;官员病故，妻子要给贝勒家为奴。皇太极优礼汉官，以此作为笼络汉族上层人物的一项重要政策。对归降的汉官给予田地，分配马匹，进行赏赐，委任官职。
皇太极逐步设立八旗汉军，创建重(zhònɡ)军。宁远之战、宁锦之战失败后，皇太极明白了一个道理：战败的重要原因是没有最新式武器——红衣大炮。此炮为西洋人制造。天聪五年(1631年)正月，后金仿制的第一批红衣大炮在沈阳造成，定名为“天佑助威大将军”。这是八旗兵器史上划时代的大事件，也是八旗军事史上的一座里程碑。皇太极在八旗军设置新营“重军”，就是以火炮等火器装备的新兵种。从此，清兵有的强大骑兵明军没有，明军有的红夷大炮清兵也开始拥有。皇太极即位不到十年就统一了整个东北。
征服察哈尔蒙古
从17世纪初开始后金即与漠南蒙古(即今内蒙古)察哈尔部发生一些小规模军事冲突。不过直到此时，由于之前后金的羽翼实力尚未丰满，努尔哈赤不敢同时与明朝和漠南蒙古进行两线作战。萨尔浒战役大获全胜后，后金继续攻击明朝驻守的铁岭，大伤元气的明朝此时不得不向末代蒙古大汗林丹汗求援，并给予蒙古以经济方面的好处。于是林丹汗急派内喀尔喀五部、科尔沁部率军万余人驰援明军，当蒙古援军抵达铁岭时，努尔哈赤已攻陷铁岭，在数量占优且士气高涨的后金军的攻击下，蒙古军战败。铁岭、沈阳之战的失利使林丹汗的势力退回到漠南蒙古境内。
皇太极即位后，决定在南下入关之前解决蒙古这个后背隐患，以避免重蹈金朝的覆辙。为消弱林丹汗的势力，皇太极对蒙古各部采取联姻、劝诱、征讨一系列软硬兼施的策略。而且由于林丹汗后期在西藏红教喇嘛沙尔巴呼图克图的影响下皈依红教，引起信奉黄教的蒙古众多部的不满，使得这些部落开始疏远林丹汗。同时，在后金军的优势武力打击下，漠南蒙古各部逐渐瓦解。
林丹汗虽组织力量抵抗，但其下属已逐渐离心离德，纷纷向后金投降。三月皇太极决定亲自对林丹汗进行最后一次决定性的征讨战。在后金大军压境之下，林丹汗撤退到漠北蒙古喀尔喀部，然而喀尔喀部不愿接纳他。在皇太极的追击之下，林丹汗只得西逃，在此期间部下不断为皇太极的追兵所收拢。至天聪八年(1634年)，林丹汗逃至大草滩(今甘肃境内)一带安营扎寨，但在此因病去世。林丹汗去世后，其势力加速走向崩溃。
天聪九年(1635年)，林丹汗之子额哲归降皇太极，并献上据说是当年元顺帝离开中原时带走的传国玉玺。漠南蒙古遂被并入后金版图。