城市内涝危害众多，首先城市内涝会对交通安全造成极大影响，众所周知，我们现行的道路排水体系最重要的设计要点就是：快速排水，不积水。可见内涝给城市安全带来的隐患有多大。
其次城市内涝会造成严重的经济损失，包括房屋地基因积水而造成的损坏、财产因进水而造成的损失、交通瘫痪对物流行业造成的影响、施工场地停工而造成的损失等等。再次城市内涝会对城市卫生造成很大的影响，会导致合流制溢流污染，还会因长时间浸泡垃圾等产生恶臭，对周边水体产生非常大的影响。
城市内涝会在短时间内给城市带来较大的排水压力，当大量径流沿河道输送至下游时，会严重影响下游城市的行洪，给下游城市带来严重的排水压力。
城市内涝对周边生态系统的破坏也是极其严重的，城市本身处在一个生态环境极为脆弱的体系之中，长期的淹水条件会对动植物生长造成很严重的影响。
另外，城市内涝后，大量垃圾、废物被冲入水中，使得生物源性污染剧增;同时，未能及时处理的工业废弃物可能引起严重的化学性污染。上述因素导致内涝城市的卫生环境严重受损，细菌迅速增殖，可能直接污染饮用水，因此内涝城市容易发生肠道传染性疾病的流行，比如大规模的群体腹泻等。特别是学龄期儿童，由于抵抗力低下、对污染饮用水或食物的辨别能力差，非常容易感染，并且一旦感染，需要较长的治疗周期。广西南宁的一项流行病学调查显示，暴雨后居民的腹泻发生率高达11.18%，症状从轻度腹泻到高热、意识障碍均有发生，致病菌多数为大肠埃希菌。