次年上谕礼部，指出“内务府事务殷繁，须各司分理，乃只设十三衙门，其原设之尚方司，未曾议及，著仍旧设立，共为十四衙门，尔部即行通知。”
十五年(1658)，发生内官吴良辅以权谋私，交结外官，纳贿作弊等事件，并牵连大学士陈之遴、都督同知王之纲、巡视中城御史王秉乾等，均拟处死。但顺治帝“恐株连甚多，姑从宽，一概免究”。只将陈之遴革职流徙，家户籍没，王之纲亦流尚阳堡。吴良辅可能受顺治帝庇护。
至帝死前5天，即十八年(1661)正月初二日尚亲自到宣外“悯忠寺观内珰(即宦官)吴良辅祝发”(即剃发为僧)。顺治帝死后，才将吴良辅处斩，十三衙门亦尽行革除，恢复内务府建制。
人物生平
吴良辅，受到顺治帝的宠幸，因而专权把持朝政，顺治15年时，发生宦官与官员贿赂勾结的案件，吴良辅牵涉其中，但顺治帝袒护他而未依照他自己所订禁宦官干政的谕令处罚，但顺治帝逝世后，即于康熙元年由孝庄皇太后下旨依“变易祖宗制度”之罪被处死刑。
有说在董鄂妃死后顺治帝叫他最宠任的内监即吴良辅去悯忠寺(今北京市广安门内法源寺)削发，他本人也曾亲自前往观看过。
康熙元年二月，朝廷发布吴良辅罪行：谕吏部、刑部等大小各衙门、朕惟历代理乱不同、皆系用人之得失。大抵委任宦寺、未有不召乱者。加以佥邪附。和其间。则为害尤甚。我太祖太宗、痛鉴往辙、不设宦官。先帝以宫闱使令之役、偶用斯辈。继而深悉其奸。
是以遗诏有云、祖宗创业、未尝任用中官。且明朝亡国、亦因委用宦寺。朕凛承先志。厘剔弊端。因而详加体察。乃知满洲佟义、内官吴良辅、阴险狡诈。巧售其奸。荧惑欺蒙。变易祖宗旧制。倡立十三衙门名色。广招党类。恣意妄行。钱粮借端滥费、以遂侵牟。权势震于中外、以窃威福。恣肆贪婪。相济为恶。假窃威权。要挟专擅。
内外各衙门事务、任意把持。广兴营造、糜冒钱粮、以致民力告匮、兵饷不敷。此二人者、朋比作奸。挠乱法纪。坏本朝淳朴之风俗。变祖宗久定之典章。其情罪重大。稔恶已极。通国莫不知之。虽置于法、未足蔽辜。吴良辅已经处斩。佟义若存、法亦难贷。
已服冥诛。著削其世职。十三衙门、尽行革去。凡事皆遵太祖太宗时定制行。内官俱永不用。又刘正宗、亦当仰遵遗诏、置之重典。但念其年老。姑从宽免。其党类亦皆赦宥。尔等即传布中外。刊示晓谕。咸使知悉。