在军队编制方面，自京都至府县，皆立卫所。每卫5600人，置卫指挥使统领;每卫下辖五个千户所，每千户所有兵1120人，指挥官称千户;千户所下辖十个百户所，每百户所有兵120人，指挥官称百户;百户所下辖二总旗，每总旗下又辖五小旗，一小旗10名兵士。府县各卫归各省都指挥使司管辖，各都指挥使司又分别归统于中央的五军都督府。
京都的卫军分两种，一是五军都督府分统的四十八卫军。明成祖时，定名“五军”，增到七十二卫，并添设三千营和神机营，与五军合称“京军三大营”。三大营是全国卫军的精锐。据估计，洪武后期全国兵额约180万以上，永乐时增至280万左右。
卫所军
卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队中，一卫为5600人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。
卫所军军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。
边军
"边军"一词本义指中国历史上的中原古代封建王朝的国家或地区交界处戍卫边境的军队，屯居在东西南北四方边境，是从各个地方调上来的精锐部队，担任边防的军队主力，也是各中原王朝最精锐的野战部队。
其常年与各方游牧民族大战，且训练有素，装备精良。
1368年明朝建国，设九大塞王，统辖漠南诸卫所。
永乐之后漠南诸卫所逐渐废除或内迁只剩九边重镇。
九边重镇，是指东起鸭绿江，西抵嘉峪关，绵亘万里的北部边防线上相继设立了辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、太原镇(也称山西镇或三关镇)、延绥镇(也称榆林镇)、宁夏镇、固原镇(也称陕西镇)、甘肃镇九个边防重镇，史称“九边重镇”。
京军三大营
五军营：五军营分为中军、左、右掖和左﹑右哨。军士除来自京师卫军外，又调中都留守司及山东﹑河南﹑大宁三都司卫所马步官军轮番到京师宿卫和操练，称为班军。隶属五军营的还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠﹑效义诸营。
三千营：以三千蒙古骑兵为骨干，实际人数不止三千，全部为骑兵。分五司，分掌皇帝的旗﹑舆服﹑兵仗金鼓、御用宝物等，是明朝京军的主要机动力量。
神机营：是明代京城禁卫军三大营之一(其余两营为五军营及三千营)[6]，是军队中专门掌管火器的特殊部队。中军分设四司，掖﹑哨各分设三司，掌铳﹑炮等项火器。
隶属该营的还有五千营，掌操演火器及随驾护卫马队官军。三大营各设提督内臣﹑武臣﹑掌号头官统领。
各军﹑各司分设坐营官﹑把总﹑坐司官﹑监枪内臣﹑把司﹑把牌不一。洪熙时(1425年)，命武臣一人总理三大营营政。
平时，五军营练习营阵，三千营练习巡哨，神机营练习火器。
当皇帝亲征时，三大营环守于皇帝大营，一般是神机营居外，骑兵居中，步兵居内。