关于沈万三惨死的故事，全过程看来让人觉得非常虐心：传说朱元璋在坐稳江山后，想要修筑长城防御蒙古残余势力反扑，但苦于国库空虚而缺乏费用。于是命江南第一富商沈万三捐资相助。后者自知不能讨价还价，就捐助了2/3的建筑成本。之后，朱元璋又大举重修南京城，让沈万三负责摊派所有费用的1/3。结果，沈万三不但应了下来，还主动捐资犒赏三军。最终，沈万三还是因这些举动而被皇帝忌惮，险些因此人头落地。后来总算在旁人劝说下，侥幸免死而被流放云南......
这些故事的内容，自然不可能集中发生在一个人身上。因为从目前发现的史料来看，当时并没有这样一个商人能够富可敌国。但广大商业阶层的生活处境却非常艰难。
在元朝时期，主要市镇的商业都很繁荣。富庶的大商人控制了城市经济命脉，而蒙元贵族和官员也的确很喜欢让商人帮自己处理周边工作，有的时候甚至参与到国家大事中来。像故事中的沈万三那样，商人们经常捐资或替朝廷筹集某项活动的专款。作为回馈，商人们可以获得特定区域内的包税权、某项行业的垄断经营权，甚至在海外贸易线路上担任外交使节。
但到了洪武初年，朱元璋开始在江南地区开战打压商人阶层。宁可让没有田地的编户民去开垦收成很低的荒地，也不让他们有机会从事商业活动。1391年时，明朝又重申了自己的反商业政策。任何未经允许就经商的人，都可以被按律治罪。此外，朱元璋还用很多硬性规定打压商人。比如下令农民可以穿绸纱，但商人却只能穿绢布。这就是要在阶层认定方面，把商人打到社会底层。
当然，朱元璋虽然仇视和打压商人基层，但同样意识到商业活动对社会日常运转有不可或缺作用。通过元朝的经验终结，明朝人也清楚自己在农业社会获取的大量财富，只能通过发展商业手段来加以巩固。否则不用说开疆拓土，连基本的军政开销都难以维持。但朱元璋所理解的商业活动，并不是今人理念上的市场经济，也不是宋朝时的强政府干预模式。按照他的伟大设计，明朝国内的商业活动将全部由官府按计划操办。
因此，明朝首先是实行各领域的专卖，达成对大宗高利润商品的垄断性经营。其次，再由朝廷统一规定其他商品价格。当时的各州府县的兵马司，就会同时兼任市司，负责对本地市场进行价格指导与规范。
为了强化对市场的控制，明朝也对作为买卖中间人的“牙行”进行史无前例的压制。比如规定对那些充当牙人者，必须有家产作为担保，获得官府颁发的执业牌照。牙人买卖货物也只能以官府规定的价格进行，如果发现成交价与核价不一致，可以马上判定为盗窃罪。无论当事人是涨价出售还是挥泪甩卖，都要受到杖80的刑罚。最后，朱元璋还特地在南京城外为外地商人修建房屋，让商人避开牙行直接缴纳商税。
哪怕对于商人自己如何经商，朱元璋也试图全都管起来。早在明朝只是地方强藩的混战时期，朱元璋就曾大力推广“职业教育”。除了儒学生要读四书五经，农民、手工业者和商人也要学习国家审定的技能培训教材。
至于其他削弱商品经济的手段，就是强调以物易物而缩减货币流通领域的空间。于是，到了洪武时代的后期，明朝每年可以征收粮食3200万石，达到元朝末年的2倍以上。考虑到元朝末年的各类瘟疫与战乱，这种和平时期的自然恢复并不代表是有多大成就。反观货币类税收，就比元朝时大为降低。一直到下个世纪的1480年左右，整个明朝的财政收入也仅在1300万两白银左右。这笔“微薄”的收入，无疑对于维持巨大大帝国时会捉襟见肘。
朱元璋式经济的另一个典型特征，就是由抛弃市场机制而造成的价格扭曲。表现在朝廷自己的运营维持方面，就是官员的工资水平低的吓人。乃至于俸禄一旦货币化，大小官员都很难养活自己的家庭。
至于被很多不明所以者所吹嘘的低商业税率，则是因为明朝本身的商业总量和利润都非常低下。由于不正常的硬性价格规定，农民除了口粮和实物税外，便不再有继续生产的积极性。相应的，商人也鲜有利润可言。如果商业税率不低，那么根本没多少人有能力予以缴纳。但朱元璋对于计划性商业的坚持，远远超过利用商业来获取必要财富的欲望。他认为只有把商业完全管起来，才能最大限度的让产能都局限在基本衣食方面，从而保证皇权稳定。仅从这一点来看，无论有多少个沈万三给他捐了多少银子，结局都不会太过好看。