后随张须陀讨伐李密。兵败，张须陀战死，秦叔宝归裴仁基部下，又随裴投降李密，得到重用，被任用为帐内骠骑。李密失败后，投降王世充，因不满王的为人，于619年（唐高祖武德二年）同程知节（程咬金）、牛进达（尤俊达）等人一起投唐，被唐高祖李渊分配到秦王李世民帐下，从镇长春宫，拜马军总管。参加了李世民的历次征战，每战必先，常于万军之中取敌将首级。
626年（武德九年），《旧唐书》说秦琼参与玄武门之变，事后被封为左武卫大将军。秦琼晚年因历次作战负伤太多而疾病缠身，常对人说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”贞观十二年（638年），在任徐州都督时去世，谥号：壮，陪葬昭陵。贞观十三年（639年），秦琼被追封为胡国公。
贞观十七年（643年），秦琼与长孙无忌等人被图形凌烟阁，封为凌烟阁二十四功臣之一。传说泉城济南府境内的五龙潭为秦琼故居，现今仍保存着秦琼祠。但考古发现，秦琼的曾祖父为秦孝达、祖父为秦方太、父亲为秦爱，三代均系魏、齐两朝文职官吏，秦爱于大业十年（公元590年）终于齐州历城县怀智里宅，后于贞观二年改葬于齐州历城县怀智里（今天的经七小纬六路一带），秦琼的故居位于齐州历城县怀智里（今天的经七小纬六路一带）。
二贤庄四十六友结拜：
大哥魏征，
二哥秦琼，
三哥徐懋功，
四哥程咬金，
五哥单雄信，
六哥王君可，
七哥谢映登，
八哥王伯当，
九哥任警司，
十哥铁子健，
十一哥尤俊达，
十二哥金城，
十三哥牛盖，
十四哥金甲，
十五哥童环，
十六哥尚怀珠，
十七哥丁天庆，
十八哥黄天虎，
十九哥李成龙，
二十哥盛宴师，
二十一哥侯君集，
二十二哥卢明星，
二十三哥卢明月，
二十四哥史大奈，
二十五哥杜杈，
二十六哥张公瑾，
二十七哥白显道，
二十八哥屈突盖，
二十九哥屈突盆，
三十哥尚青山，
三十一哥夏玉山，
三十二哥毛公遂，
三十三哥吕公旦，
三十四哥唐国仁，
三十五哥唐国义，
三十六哥唐识人，
三十七哥唐识杰，
三十八哥齐国远，
三十九哥李如珪，
四十哥柳州臣，
四十一哥贾云府，
四十二哥樊虎，
四十三哥连明，
四十四哥邱福，
四十五哥柴绍，
四十六哥罗成。