据报道，奥地利飞行安全中心的工作人员称，从雷达上消失的飞机测不到飞行高度、方位、识别信息等等，就好像飞机从来没有进入过雷达的监视范围一样。6月5日和10日的飞机“消失”都持续25分钟，之后“消失”客机的信号会突然出现在雷达屏幕上。但好在飞机“消失”后，空管人员还能与飞机取得联系，指挥这些飞机错开航道，避免相撞。
奥地利一家媒体援引专家的话称，飞机能从雷达上消失，最有可能的原因是飞机上的异频雷达收发机和地面空管之间传播的讯号受到了干扰或阻隔。能造成这么大影响的极有可能是黑客或者是强信号干扰。
奥地利航空管理机构表示，由于此次“消失”的飞机涉及多个国家，欧洲航空安全局和欧洲空中航行安全机构已组织专家调查这两次“史无前例”的事件。
欧洲航空安全局的调查人员表示，起初他们怀疑在匈牙利举行的北约电子战演习是导致干扰的原因，因为这与第一次消失事件发生的时间吻合。这场演习使用了干扰地方雷达的装置，被怀疑影响到了民航班机，不过这一推测遭到了匈牙利国防部否认。匈牙利国防部表示，演习时使用的干扰技术影响有限，干扰范围只有4000米，这个高度远低于飞机的高度。此外，第二次消失事件发生时演习早已结束。