在史书上记载了以西瓯军为主力的百越军队的顽强抵抗，百越军在首领"译吁宋"的率领下与秦军进行了惨烈的激战，秦朝大军步步艰难，节节受挫，损兵折将，迟迟不能进入越人的世居领地，在战争中，百越军在首领"译吁宋"战死后又马上另选了新的首领，并全线退入山地丛林中与秦军继续作战，百越军甚至不惜与野兽为伍，至死不投降秦军，并且不断对秦军部队进行偷袭，切断秦军粮道，迫使秦将屠睢写信给秦始皇上报说秦军粮草已经不足，秦始皇被迫命令征调大量民工开凿灵渠，沟通了湘江和漓江水系，确保了秦军的粮草运输。另外秦军还有一个最大的敌人----- ----炎热的气候，秦军士兵多为北方人，大部分都为现在陕西、山西、河南等地人，不适应南方炎热的气候，士兵中瘟疫横行，直接影响了秦军的战斗力。
以西瓯军为主力的百越军这时在新首领桀骏的率领下大致在公元前218年左右的时期对秦军发起了反击，秦军大败，根据《淮南子》记载，秦兵"伏尸流血数十万"，而秦军总指挥官屠睢也在现在的广西桂林一带被一支百越军夜袭部队击毙，迫使秦军"宿兵无用之地，进而不得退"，惶恐不可终日，以致"三年不解甲弛弩，使监禄无以转饷"，双方一直处于相持对抗的局面。而根据学术界讨论，秦军的阵亡在30万人上下，剩下的20万人全部退到两广的北部边界一带，但是百越军的伤亡同样十分惨重，也没有力量继续发动进攻，双方形成了对峙局面，而且一对峙就是3、4年时间。
百越军输给大秦军，是输在了人口上。百越地区人口当时很少。
但是战争毕竟是残酷的，且不说秦军在三次战争中前后了损失了30多万人马，两广地区的老百姓也遭到惨重的损失，在历史资料中记载秦军在第二次战争后的部队全部留在两广，这些秦人与当地人融合，成为了现在的两广老百姓祖先的一支。这留下的近30万秦军士兵为两广的开发做出了不可磨灭的印象。但是根据历史学家考证，在秦末农民战争、楚汉战争期间，两广并不是战场，此时的两广几乎已经算是独立出秦王朝，但是在《中国各朝人口》一书中却记载着在秦末战争刚结束的时候，两广人口只有40多万人，这里如果扣除那些留下的近30万秦军士兵，也就是说这时两广的原百越民族从秦瓯战争前的50万锐减到10万人这样，而这期间两广并没有什么瘟疫流行的文献资料，当然也不排除秦人在战争结束后还是不适应南方的气候从而造成水土不服而人口下降，但我认为战争造成人口减少的原因应该是最主要的，在战争中，起码有近40万百越人或死或逃亡到东南亚。一直到汉武帝时期，已经在两广建立的南越国虽然说在建国初期有号称“百万带甲”，但是根据历史学家分析，南越国总人口最多的时候(大致是汉高祖以后的吕后当政时期)也不会超过80万人，士兵最多也就在10万人左右，“百万带甲”系为夸张而显示国威的说法，在最后投降汉朝的时候，南越人口在册投降的只有40多万人，如果算上那些不在册记录内的人口估计也不会超过60万人。
不管怎么样，这次战争也促进了中华民族的融合，虽然民族的融合往往都要经过残酷的战争，但秦军带来了先进的生产技术，为两广的开发和建设奠定了基础。