当南云满意看着自己的舰队即将创造另外一个战争传奇时候，突然出来了一阵空袭警报，接着三枚250磅炸弹命中赤城号，赤城号瞬间失去作战能力，并不久就在海上停车，这时舰体中的机库产生了激烈爆炸，燃烧的火焰和浓烟已经蔓延到了舰桥，这是轮机舱已经失去联系，青木舰长立刻请求南云离舰，尽管南云百般无奈最后只能离开赤城号，可是准备离开时，去发现楼梯已经被大龙笼罩，无奈从窗口跳入大海，由巡洋舰营救，暂时把指挥转移到了长良号巡洋舰，此时山口多闻接替南云，当南云爬上长良号时候，才发现自己浩浩荡荡的舰队已经支离破碎，赤城加贺苍龙全部击毁，只有飞龙号还在继续孤零零的继续。
南云的悲剧，就个人而言，很多人认为他是水雷战专家不适合从事机动部队的指挥官，最终导致了中途岛的悲剧，其实我感觉这不是南云的悲剧，而是日本当时航母舰队长期积累的弱点的一次爆发。首先这次作战， 南云的作战思想就是模糊的。是首先攻下中途岛，还是歼灭美军机动部队?由于南云的部队在1942年上半年一直在印度洋作战，实际上并没有参与中途岛的作战计划，这也就导致了南云在中途岛战役一开始就出现了迷茫，尤其是当美军机动部队出现之后，南云就在中途岛和美军机动部队之间产生迷茫，为最后覆灭埋下了阴影。
其次南云战败的第二点在于南云对部下的过于依赖，南云年轻时候是标准的一个很好的日本海军军官，能吃苦，有钻研的能力，然而当南云升为将军，指挥第一机动部队时候，南云出现了日本海军将军的通病，那就是每一个将军都和蔼可亲，可是对部下的作战方案只会签名，而不会在用自己的想法思考，源田实曾回忆称南云这种对自己作战方案的信任有时候会让他感觉到恐慌。过分依赖参谋，尤其是南云的参谋长草鹿龙之介，渊田美津熊在回忆录中写过南云放弃对珍珠港的第三次攻击就是因为听从参谋长的意见，同样在中途岛最关键的时刻第一波飞行队回来时候，南云就是听从草鹿龙之介建议先收回第一波飞机在起飞第二波，而就是这短短几分钟，美军飞机在南云没有将飞机送上天之前，将南云主力击溃。而第一波飞机草鹿龙之介之所以会让南云收回，很大原因在于第一波飞机上有很多飞行员是草鹿龙之介好友，这一点私心让他向南云做了一个错误的提议。
第三，南云的性格的优柔挂断，缺少决断能力。在第一编队空袭中途岛效果不佳时候，第一波飞行指挥官友永丈市请求进行第二次空袭时候，南云立刻让飞机挂炸弹准备再次空袭，可是这时候侦察飞机传来电报，发现地方机动部队，南云立刻命令机库停止九七式飞机的炸弹装载，更换为鱼雷，准备对敌人舰队攻击，因为九七舰载机是一种既可以装鱼雷也可以装炸弹的多用途飞机。所以南云可以淡定更换鱼雷和炸弹。然后更换一半，侦察机飞行员发来电报敌人没有航空母舰，这是B-17空袭南云舰队，这让南云再次决定换炸弹，然而之后侦查飞机发来电报，称在这群舰队后边有一艘航母，这样南云再次凌乱，重复作业，最终让南云的航母机库内装满各种炸药，这时候只需要一颗小的引信就可以瞬间让南云的航母变为一口棺材。这是南云在中途岛的第一次犹豫不决但不是最后一次。在收回第一波飞机时候，南云的航母正在为战斗机装弹药和汽油，和山口多闻的航母已经准备就绪，于是山口多闻请求让他手下的苍龙飞龙先起飞进行攻击，而南云在这个决定面前再次犹豫，不知道怎么做，犹豫许久之后才给予拒绝，不久美军飞机到了。。。。。。
最后南云战败的另外一点过于重视进攻，忘记了侦查。在当时，南云的航母采取仍然是单扇式搜索，而且没有专业侦察机，用的还是老式水上飞机进行侦查，只有南云的赤城号带了几架零式改的侦察机，还是试验机型，这就让南云作战时候，往往派遣出第一波编队时候，侦察飞机才能报告出南云附近有没有敌方舰队，这样可以用第二波编队对敌攻击，这在印度洋战场上先出现过两次，一次是空袭仰光之战，一次空袭锡兰，当时对方舰队力量薄弱，所以很快被南云歼灭，英国的竞技神号就是这么被南云干掉的，然而到了中途岛，美军的卡特琳娜一直在南云的上空盘旋，而南云却有很长一段时间不知道美军航母位置。同时在中途岛之战，利根号，筑摩号的弹射器出问题，南云竟然没有及时派出舰载机去补救，这也是南云兵败中途岛的最重要原因。
战争没有谁聪明谁愚蠢，有的只是双方不停的犯错，最终犯错最多的一方丢掉战争，这一点“沉默提督”斯普鲁恩斯在中途岛给我们以完美的展示，而南云的失败不是他一个人的悲哀，而是那个时期整个日本高级海军将领的共同悲哀。