马仲英起事的原因据说是因为冯玉祥国民军赵席聘部在河州征粮、索款，雷厉风行，河州发生回族间的教派之争，赵将当事的头目抓来杀掉，因而激起了众愤，教民们起来向河州进攻。曾任马麒部下的营长马仲英在马麒的怂恿下，赶到河州，把起事的教民组织起来，势力逐渐扩大，向河州猛攻，战事就一跃而无法控制了。马仲英之父马宝亦在此时被国民军处死。马仲英率众向河州进攻，赵席聘外号“赵大肚子”，“在国民军中从未打过一个胜仗”，是有名的腐朽无能的庸将，招架不住马仲英手下的亡命之徒，退守在河州城内，电刘郁芬告急求援。当时国民军在兰州的部队只有戴靖宇新编的一个师和李松昆、刘兆祥的两个旅。刘命戴靖宇的一师从宁定川向河州增援。戴部在南阳坡与马仲英相遇，双方伤亡都很重，戴靖宇肋部中弹，舁回兰州，因而这路的攻势受到顿挫。与此同时，李松昆、刘兆祥的两个旅也奉刘的命令从唐汪川向河州增援。李、刘两旅到达河州时，马仲英已经向河州的西乡退去。
时值天下大乱，成者为王，败者为寇，马仲英起事也算事出有因。然而，无论国民军征粮有多重、索款有多急，都不能成为马仲英屠杀无辜汉族人民的理由。马仲英所至，屠杀汉人，极为残酷。“陷湟源杀汉人三千余人，陷永昌杀汉人二千三百余人，陷民勤杀汉人四千六百余人，马廷勷陷凉州，冀鲁豫客籍汉人，几无幸免。”(政协文史研究会 文史资料选辑第七十五辑)。无辜百姓的鲜血染红了马仲英的马刀。浓烈的血腥味在今天似乎已经淡漠，红柯先生的煌煌大作《西去的骑手》成了今日的畅销书，然而，书中 ‘我们起兵造反打国民军，汉人你一个逗不成，杀官劫兵抢富汉。[逗：动，招惹。]与你穷人莫相干，我们要当英雄汉，穷人贵贱不要犯，阿一个杀下汉民的老百姓，一个人哈十个人抵命。’完全是彻头彻尾的谎言!在这场变乱中，大量的汉、回无辜百姓死于非命，亡魂的怨气充塞于天地之间。用谎言堆砌成的神话，文辞再优美，语调再动听，也终归有烟消云散的一天。陈年的伤口需要精心呵护、调养才能平复，它经不起反复的翻动，更何况再涂上毒药呢?
被这位红先生吹得神乎其神的马仲英其实只是包围了草包赵席聘，打败了戴靖宇的新兵而已。北伐结束后，中原息兵，一九二八年秋，孙连仲部队奉命西来，克复凉州，进军西宁。刘郁芬以孙连仲部队进抵凉州，已无后顾之忧，遂重新部署河州部队，向马仲英反攻，马仲英立即露出了银样镴枪头的原形。北原一役，马匪伤亡颇重，退出河州，南窜洮岷，复结合当地回民，声势又震，分股北犯，进扰渭源。冯安邦旅，阻敌于渭源西南，马遂东窜围攻陇西，吉鸿昌率十一师所辖李松昆、刘兆祥两旅驰援，叛军解围南走，陷武山，据伏羌(甘谷)，平叛大军追至伏羌，敌已北窜秦安。翌日，吉鸿昌于赴秦安途中，折往天水，偃旗息鼓，黄昏入城。入城后部队作以下部署：四门以内地区，各配置步兵一团，由团再酌派便衣部队潜伏城关，沪造山炮曳上鼓楼，炮口分向城门方向放列，以留守处伤愈官兵百余，配合县队，由留守参谋任伴兰率领，上城守卫，鸣锣击鼓，表示空虚，待敌逼近城垣，炮兵接到发射命令，连续放炮，同时发射，炮击停止，潜伏城关便衣部队，即向当面之敌出击，各团迅速增援，敌如退却，分途穷追，当晚部署既定，以待明日歼敌。翌晨见城外西北山头，遍竖旗帜，敌兵麋集，何止万千，纷纷下山，逐步向城垣包围，大喊大叫：“开城不杀不烧，如果打进城去，鸡犬不留。”时值正午，吉鸿昌见敌已逼近城垣，，即下令炮兵发炮，炮兵停止，城关部队立即出击，城内部队继之于后，叛军惊如空天霹雳，猝不及防，掉头便走，自相践踏。十一师歩机枪齐发，叛军伤亡枕籍、溃散遍野，一部窜至西南山口，企图绕山逃走。而炮火已将路口封锁，追兵继之，叛军进退失据，伤亡尤多。经此战役，残匪又逃回岷县，十一师继续追击，马仲英率残部向西宁退去。
由天水经岷县至洮州，沿途数百里，满目疮痍，村民稀少，鸡犬尽绝，更无牛羊之迹。当时陇南虽未经严重兵火，而人民苦于征役，加以股匪蹂躏，民不堪命。据吉鸿昌的参谋长傅二虞回忆：“我在成县行军途中，遇一妇人，另有一女子随其后，年约十四、五岁，上披破袄，下体赤露，我叫勤务兵给这妇人五元钱，妇人接钱在手，返身追来，连喊叫我站住，她说‘大人你贵姓啊?’我说：‘你别问我姓名，赶快给你姑娘做条裤子吧。’”人读至此，孰不鼻酸?这就是红柯先生“有关英雄和血性的史诗式长篇”背后的情况。
一九二九年，农历二月上旬，刘郁芬急电吉鸿昌：“马仲英匪部经永昌攻陷镇番(民勤)，杀掠极惨，该师迅即进剿。”镇番城内，商店住户，大街小巷，尸体纵横，其中尤以妇孺为多，此皆当马仲英入城时，未及逃出，惨遭屠杀者。吉鸿昌召集难民回城，责令县政府救济，派军队掩埋尸体，清除街道。即使在此时，吉鸿昌也注意整顿军纪，军中有擅取回民衣服者，吉鸿昌即将一个连长、两个排长当场枪决，以为擅取民物者戒。
马仲英于农历三月上旬攻陷宁夏省城，军政机关职员，多未逃出，相率隐蔽在商店或百姓家，马仲英日事搜查，一经逮捕，悉予杀害。当吉鸿昌从马仲英手里克复宁夏后，一个警察枪杀了一个没有逃跑的无辜回民，吉鸿昌一知道这个情况，立即把这个警察予以正法，并发出告示，保护和安抚回民。吉鸿昌、马仲英相比不啻霄壤，红柯将二人并列，实在是侮辱了九泉之下吉将军的英灵。
后来马仲英在新疆也多次屠城。笔者去开都河流域考察水土流失情况时，看到了焉耆、和静等县的县志。在现在已经成为回族自治县的焉耆县县志中，清楚地记载了马部屠城的经过，行政长牛时全家被杀，农历新年暴徒们以大刀、木棒血洗了焉耆古城，只有极少数汉人由阿訇陕文清保护了下来。在现在很多所谓的纪实作品中，马仲英往往以英雄形象出现，大量篇幅夸张其悍不畏死的虚勇，对其暴行却只字不提。难怪不明真相的读者读了这样的作品，会把马仲英部当作秋毫无犯的仁义之师了。