众所周知，靖国神社内供奉着大约246万个亡灵，1000多个灵位是二战中的甲级、乙级和丙级战犯，其中包括战后被处以死刑的东条英机等14名甲级战犯。靖国神社已逐渐变成日本军国主义的代名词。
1895年，日军侵台占领台湾，51年间，日军共发动了一百六十余次所谓的“剿番战役”。规模最大的几次战役，日军甚至出动万人以上的正规军队进入深山攻击原住民族部落。在日军执行毁灭性的三光政策(杀光、抢光、烧光)下，被攻击的原住民族部落遭逢近乎灭绝的打击，幸存的妇孺流离在山林……，这其中又以强悍抗日的泰雅族最为惨烈。
1913-1915年间，侵台日军调集一万一千多人的部队，从中部入山大举进犯泰雅族地区，日军入山后往北打到桃园山区，再越过中央山脉打到花莲太鲁阁，日军所经之泰雅族部落，在大炮机枪肆虐下全部成为焦土。(这一段悲惨的历史镜头，被当年侵略者的随军摄影记者巨细靡遗纪录，并由日本军部编辑为战功册。这本日本军部的战功册于近年在日本旧书摊被发现，当年侵略者为夸耀战功的资料，终于成为屠杀台湾原住民族的犯罪铁证。)
1941年，太平洋战争爆发，日军又强征原住民族成立“高砂义勇队”共2万余人远赴南洋作战，因“高砂义勇队”多被派赴战场的第一线，故死伤极为惨重，战后生还者仅余1/3人数，且多数成为伤残。
台湾的原住民族在近百年内遭遇了极为悲惨的外来殖民压迫，但这一段充满血泪的历史却在多数的台湾史籍中付之阙如，也因为史料的缺乏，绝大多数的原住民族同胞并不知道这一段历史，这也导致对历史事件看法上产生谬误。
日本战败后，将“高砂义勇队”牺牲同胞的灵位摆进靖国神社，与进犯台湾的日本军国主义侵略者灵位并列，共同接受慰灵祭祀，这种将凶手与被害者同置一处的做法，基本上是将台湾原住民族视为永远臣服于日本军国主义铁蹄下的子民，是对台湾原住民族最大的侮辱!
台湾政治大学的傅琪贻教授说，所谓“高砂义勇队”，其中充满了日本侵略者对台湾少数民族的诱骗和诡计。台湾的少数民族被送到南洋是被日本政府设计的。从陆军大臣东条英机，他就有意要利用台湾的原住民，因为到南洋打仗日本就不适合，那怎么设计呢?叫“志愿”，这个部落要3个人，或者是4个人，最多是一次去3个人左右，就这样送去。在1942年到1943年间，台湾少数民族分7到8次，每次几千人到上万人不等，被日本强迫送到东南亚战场。他们被送去的名称大部分都是农耕队啦，或者是军夫的名称，到了那里就被全部投入战场，而且是第一线的，最先锋的，破坏美军基地，空军基地，先导部队，最后接到死亡的命令，就是你们都要死。奔赴战场的少数民族青年当中，很多人都死在了战场。
日本战败后，把战死的部分少数民族青年和其他台湾人放到了供奉战犯的靖国神社里。现在日本一些人仍然在利用供奉在靖国神社里的台湾人，从事企图把台湾从中国分割出去的活动，并声称“台湾人是爱日本的”、“台湾人愿意做日本人”。其实，这是一个大骗局，日本统治者当年组织的“高砂义勇队”，只不过是将台湾少数民族当作奴隶和炮灰。现在仍然还利用这件事来侮辱台湾的少数民族。
2000年4月的时候，日本的一个团体带领一些台湾的少数民族人士到靖国神社参拜，引起日本以及台湾舆论的哗然。近几年来，台湾少数民族民意代表高金素梅，也曾经两次赴日，要求将靖国神社里的台湾原住民祖灵除名。
台湾原住民代表高金素梅说，招募“高砂义勇队”的行为，毫无个人自主意志可言。更进一步说，“高砂义勇队”根本是被日本殖民政权强迫牺牲的“战争炮灰”。日本将我们先辈的灵位与甲级战犯的牌位供奉在靖国神社，这是我们无法忍受的。三年前，“高砂义勇队”遗族赴东京靖国神社抗议，要求靖国神社将“高砂义勇队”牺牲者除名。两年前，我们赴大阪地裁所对日本政府、小泉首相、靖国神社提出抗议。与此同时向记者散发了《以行动解放祖先的灵魂》的资料，上面赫然写着“原住民族不是日本人，高砂义勇队牺牲者不能当日本的神”。
“亡人之族，先亡其史”，台湾光复已近57年，但多数的台湾原住民族同胞对那一段土地被掠夺、祖先被奴役杀害、部落被摧毁的历史却仍处于黑暗摸索中。“高砂义勇队”牺牲同胞的灵位被摆进日本靖国神社，是对台湾原住民族最大的侮辱。