1592年闲山岛大捷后，日本海军屡战屡败，主力丧失殆尽。特别是丢掉制海权后，日军的陆上攻势因为缺乏补给而被迫减弱，在占领平壤后，日军停止了攻势。后于1593年开始议和。李舜臣也因为闲山岛等一系列战功，被朝鲜王封为二品正宪大夫、三道水军统制使。据说，“三道水军统制使”是朝鲜专为他而第一次设置的官职。
但好景不长，日本为了拔去这颗眼中钉，使用反间计诬李舜臣居功自傲，阴谋篡权。1597年1月，小西行长用丰臣秀吉的计策，利用朝鲜的党派之争，派人在汉城散布谣言，陷害朝鲜水军名将李舜臣,朝鲜国王李昖中计将李舜臣下狱，幸亏一些爱国将领出面死保，李舜臣才得以免死，但被贬为士兵，白衣从军。得知反间计成功后，丰臣秀吉立刻于2月21日再度下令调动14万陆军和2万水军入侵朝鲜!从动员到集结共花费5个月时间，在7月集结完毕。1597年3月，日本小西行长、加藤清正率领14万陆军、万余海军以及战船数百艘，再次大举侵朝。
此次丰臣秀吉的日军是从水陆两路进犯朝鲜，7月7日，日本水军统帅九鬼嘉隆决定一雪前耻，他率领庞大的日本舰队，偷袭了停泊在漆川岛(世济岛北端西)的朝鲜海军。他考虑到日本安宅船不是朝鲜龟船的对手，所以此次日本海军专门针对朝鲜海军的龟甲船做了改进，把原有的安宅船及大关船都临时包上铁壳，变成了巨型铁甲船。开战时,朝鲜海军以为日本的舰队是路过的运输舰队，没有料到日本舰队突然发起进攻，由于当时还在谈判期间,所以朝鲜海军没有丝毫戒备，在战役中朝鲜战船全被日本海军击沉击毁，海军指挥官三道水军都统制元均被火炮击中身亡，朝鲜水军被重创。战后日本水军配合陆军水陆夹击漆川岛的朝鲜水军，朝鲜水军几乎全军覆没，日海军完全控制了制海权。
日本陆军分为左路军和右路军。登陆后采取的是钳形攻势，两路军分别向南原和全州前进，根据计划，这两路军应在朝鲜王京汉城会师。8月1日，14000余日本左路军进攻全罗道，正赶上明军进驻全罗、忠清两道。明军杨元率3000人守卫南原，经奋勇战斗后因寡不敌众，明军两千七百余人战死，南原失守。驻守全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样日本右路军便兵不血刃的拿下了全州。攻下两地后，日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，王京汉城已经无险可守。8 月19日，明军除守卫稷山外全线退至汉城，日军已经占领了全罗道全部地区。
大敌当前，朝鲜举国上下一致强烈要求重新启用李舜臣。朝鲜王迫于形势，不得不顺应民心，重新任命李舜臣为三道水军统制使。而此时，当年扬威海上的威武水师，现在只剩下可怜的12艘军舰。1597年，鸣梁海峡之战中，朝鲜名将李舜臣以十二艘板屋船攻击倭舰一百三十余并歼灭一半，创下了世界海战史上难以超越的奇迹。