宁镇山脉自镇江向西延伸至南京，在南京市区东侧分为三支：北支有栖霞山、乌龙山，幕府山、狮子山等;南支有青龙山、方山、牛首山、三山、云台山等。这南北两支分别围绕着南京市区的南、北边缘向西延伸，直到长江边上。中支则是自古被称为“龙盘虎踞”的一支，“龙头”是钟山，位于东郊，主峰海拔448.9米，是南京最高峰，而后也是向西延伸入城，依次有富贵山、九华山、北极阁，继而深入城中心，西接鼓楼岗、五台山、清凉山等，直到“石头虎踞”石头山的峭壁处，横亘南京城区中部。这条山脉从古至今对南京城市布局结构影响最大，只是因为岁月变迁和现代城市建设挖掘，如今我们早已看不到这一支山脉的全貌。
六朝时期的宫城，都以两道山脉做屏障
那么，山脉对历史上的南京城市建设起着怎样的影响呢?那要从3万多年前的史前时期说起。那时山还没有连成一体，在南京地域内，只有雨花台、鼓楼两座岛屿和紫金山一处山脉，其他地方都被古长江和其支流淹没。而在6000多年前的新石器时期，在秦淮河和金川河沿岸开始有原始村落。据考证，生活在北阴阳营遗址的南京人，已经能够经过鼓楼、北极阁去紫金山打猎，也就是说，从那时起，南京人已经开始利用紫金山到鼓楼的山脉，这是他们的交通要道。在辉煌的六朝时期，这些朝代就是依据自然山水环境来建城。
孙权选址建都，正是看中了南京的山水格局。在南京，紧贴长江南岸有自然山脉连绵延伸，即宁镇山脉伸入南京市区的北支，山体临江面是绝壁，而山南面是缓坡，军队人马可以顺坡登山，沿山脊线建立“白石垒”“幕府”等一系列军事要塞堡垒，绝对易守难攻。形成一道紧贴长江南岸的自然山体城墙，是抵御北方入侵的防御天堑。
宁镇山脉的另一支由钟山向西延伸的余脉，形成第二道连绵的自然山体城墙。孙权选择这条山脉围合地作为城市建设用地，设篱栅增强防护。山峦连绵成半圆形围合，具有凝聚气韵之势，之后被称为“金陵王气”。而石头山，是这两条山脉的汇集点，而且控制着淮水入长江口，是南京的战略军事要地。因为，临江为绝壁山势，山体起伏，形势极为险要，这个地理景观被赞誉为“虎踞”。孙权还在石头山筑防御要塞，名叫“石头城”。
从孙权定都南京到南朝灭亡，南京作为都城的历史有370多年。在此期间，历代皇帝多次改建宫殿，扩大庙宇，但城池格局规模基本上仍沿旧制，都是依托钟山西延的九华山北极阁脉络，在原先山环水绕的地理小盆地之中，建立呈矩形的城池和宫城。其中，孙吴的建业宫城在今天珠江路鱼市街一带，而东晋和宋、齐、梁、陈的都城建康在台城，中轴线位于太平北路以东总统府一带。
南唐建宫城将山置于城外，不利于防守
六朝时期之后，南京城市的格局变化又经历了两个重要阶段：南唐、明朝。这两个朝代，对山脉又有怎样的利用呢?姚亦锋说，南唐金陵城摆脱了六朝建康都城的旧框架。南唐的宫城东至今大中桥西侧，南至今中华门，西至今水西门、汉西门一线，北至今珠江路南侧、五台山麓，中轴线是今天的中华路。这样，宫城的四周都是山峦，如城北的鸡笼山、城东的钟山、城南的雨花台以及城西的清凉山，后人形容为“四顾山峦，无不攒簇”。
“南唐宫城的特点是把重要的战略制高点置于城外，像军事堡垒石头城、雨花台都在城市范围之外。这种形势对金陵城的军事防守非常不利。北宋军队进攻南唐时，南唐军队几乎无险可据。所以南唐的这种城防布局受到了后代的批评。”姚亦锋说道。而明朝建都后，改变了南唐金陵城的防守格局，建立内城垣之后，又建宏大的外城郭，改守城为守郭，将南京周围的制高点紫金山、幕府山、雨花台等山丘全部包入外郭之内，使得城内和城外的防御能力大大增强。