公元13世纪。元朝向南宋发起进攻。1273年，元兵夺取了南宋的战略重镇襄樊，控制了长江中下游。1274年，元朝皇帝忽必烈发兵20万，分两路南下，一路攻打扬州以牵制宋军。另一路为主力攻打鄂州(武昌)，至12月，夺取鄂州。1275年，元军攻陷南宋的都城杭州。南宋朝廷在当朝太后的率领下向元军投降。几次大战役过后，元军夺得大量战船，组建了强大的水军。
南朱的小皇帝赵正在部分主战派大臣、将领的支持下，向南撒逃。尽管受到南宋军民的一路抗击，元军仍步步南逼，1277年。赵正病亡，丞相陆秀夫辅佐赵日丙登基。1278年南宋朝廷在元朝大军的追逼下退到了广东新会、崖山一带，宋军元帅张世杰和丞相陆秀夫辅佐幼帝赵日丙及二十多万人马驻扎于此，另有战船一千多艘。元朝皇帝忽必烈为了最终消灭南宋，任命张弘范为主帅、李恒为副帅，率水、陆兵马二万五千，在分别攻取了漳，潮，惠三州和广州后，分海、陆两路向崖山进逼。
宋军主帅张世杰之所以选中崖山驻扎，是认为崖山一带濒临大海，其南面有易守难攻的崖门水道，而且这一带海域风平浪静，便于驻守。然而在大陆几乎全部落入元军之手的情况下，背海驻守无疑是一大失策，而且张世杰还犯下一个致命的错误，他下令将一千多艘战船用铁索相连，分几排沿崖山排开阵势，完全丧失了机动性。
元朝至元十六年(1279年)正月，李恒带领元军在崖山东侧偷袭登陆，将山上的宋军行营兵寨悉数烧毁，并切断了宋军的淡水来源和粮草供应，迫使宋军全部退至海上。宋军为夺回水源和粮道，多次反攻，均难以奏效，宋军就此陷入了粮、水、柴断绝的绝境，在饥饿和伤病的侵扰下，宋军的战斗力大为降低。
此后，元军从海上采取火攻，但宋军早有预防，在一些战船上涂抹海泥，加上将士拼死抵抗，元军并未占到多少便宜。不过经过几次攻打，元军迫使宋军阵形收缩，元军水师则占据了崖门外海，与崖山上的元军一起形成了对宋军的海陆包围。
二月六日(1278年3月19日)凌晨，元军副帅李恒率战船顺着退潮从北面顺流而下，进攻宋军船阵，但战果不大，至中午涨潮时又顺潮北退，而已经布置于南、西、西南三个方向的元军在张弘范的带领下则顺潮水北进，从崖山与汤瓶山之间的崖门水道向宋军船阵展开攻击，很快就夺取了宋军前阵并烧毁了宋军几十艘战船。此时宋军主帅张世杰在慌乱之下又下了一道错误的命令，将两侧战船调往中军，更使宋军阵形大乱。
午后，海面突降大雨，宋军急忙砍断铁索，趁着雨雾开始突围，但仅有张世杰带着十几艘大船冲出元军重围，包括宋帝御船在内的宋军大部被元军越围越紧，陆秀夫在绝望之下先逼妻儿投海自尽，然后自己抱着宋幼帝跳海而亡。逃出重围的张世杰后来在阳江南面的海陵岛附近遇上风暴，船翻人亡。
此役，元军共烧毁、击沉宋军战船二百余艘，缴获八百余艘，俘虏宋军两万多人，宋军战死十万人以上。宋朝皇室在临安(今杭州)向元军统帅伯颜投降后，宋廷残部南逃，经历三年二帝，就此彻底灭亡了。
崖门海战是中国古代最大的一次海战，其参战兵力、舰船和伤亡人数之多，在我国古代海战史上都是空前绝后。当时目睹了海战全过程的南宋将领文天祥(在江西组织抗元义军兵败被俘押解至此)作诗日：“一朝天昏风雨恶，炮火雷飞箭星落。谁雌谁雄顷刻分，流尸漂血洋水浑。昨朝南船满崖海，今朝只有北船在……”