南昌是江西省会，位于九江以南，赣江与鄱阳湖之间，南邻浙赣铁路，系第九战区重要战略基地之一。武汉会战时，日军第11军就奉有攻略南昌之任务。但由于其第101、第106师团沿南浔路前进时攻击受挫，特别是第106师团在万家岭几乎被全歼，所以未能完成任务，被阻止于修水北岸。中国空军以南昌机场为基地，经常袭击九江附近在长江中航行的日海军舰艇，对九江及武汉日军的后方补给交通线威胁甚大。日军攻占武汉后，为切断浙江、安徽、江西经浙赣路至大后方的交通线，解除对九江及长江航道的威胁，占领南昌机场以缩短其对中国南方进行战略轰炸的航程，决定再次进攻南昌.并仍以第101师团和第106师团为主攻部队。由于这2个师团损失惨重，必须休整、补充才能进行战斗，所以预定于1939年3月间沿南浔路发动进攻。
1939年初，中日两军围绕南昌发生了一系列争夺战，自3月17日日军进攻吴城开始，到5月9日蒋介石下令终止反攻南昌结束，整整54天。作战过程中，中国军队在付出巨大代价后，仍没有守住南昌，在战役的第二阶段反攻南昌时，也未能达到目标。但此会战给予日军有生力量相当大的杀伤，为抗战进入相持阶段以后的一次具有重要意义的战役.
南昌会战在军事、政治上的影响，有其积极的一面。它使全世界，特别是日本军事当局认识到：日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能击歼中国军队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。中国军队不仅继续进行抗战，还开始实施战役范围的反攻.
武汉会战后，中国在长江南北分别以第9、第5战区重兵武汉形成包围态势。南昌地区的战略地位更显突出，既掩护联系第3、第9战区的战略运输线即浙赣铁路，又是中国方面集结重兵的战略基地，对日军构成重大威胁。南昌还有飞机场，中国飞机经常前往轰炸日军长江中的军舰。为此，日军积极准备进攻南昌。
1939年2月时，中国已判断出日本对南昌的进攻企图，国民政府军事委员会三次指令第9战区向日军另一线南浔方向发动进攻以转移敌人的进攻方向，破坏日军的进攻部署，但是该战区一直以准备不周为由拖延进攻。3月17日，日军抢先展开进攻。中国军队与日本侵略军在南昌地区展开激战。然而，从3月17日到27日，中国守军10日内便丢失了南昌，守军受到重大损失。这既因为日本占有武器装备的优势，也是因为中方的一系列失误造成的。此后，日军向西追击，于4月2日陷重镇高安。中国军队退守。此后日军由于兵力不足，停止追击，并从南昌地区撤走部分兵力，战场相对稳定下来。
然而日军新胜之余，没有料到中国正在紧张酝酿旨在收复南昌的反攻，第3、第9战区协力展开春季攻势(也称4月攻势)。1939年4 月21 日，反攻正式展开，中国军队主力向南昌发动奇袭，一时打乱了敌军阵脚，连克南昌外围阵地。25、26日相继推进到南昌城下。然而由于另一路中国军队未能完成切断日军增援的任务，日军海军陆战队赶赴支援。中国军队对日军展开将近一周的激烈进攻，但未能取得进展，5月1日，蒋介石限期必须攻下南昌。为此，2日，中国军队发起第二轮猛烈的攻势，进一步向南昌逼近。但此时已失去奇袭性质，只能进行攻坚战，在敌之坚守下，中国军队伤亡惨重，为此，5月9日，下令停止进攻。而日军也未能进一步反攻。南昌会战结束。