南昌会战，中国军队既未能在防御中守住南昌，也未能在反攻中夺回南昌。但它在军事、政治上的影响，却有积极的一面。南昌会战表明日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能击歼中国军队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。中国军队不仅继续进行抗战，而且还开始实施战役范围的反攻，这是“七七”事变以来的新发展，同时也证 明国民政府军事委员会在战略指导上确有改单纯防御为攻势防御的意图。可惜的是，由于最高决定者和某些高级将领，或是理论与实践脱节，或是缺乏优良的战略战术素养，以致在作战指导和作战指挥上产生不少失误，在造成消耗敌人的同时，过多地消耗了自己，却未能实现自己的战役企图。
方针相抵
蒋介石在口头上一再声称“不复与敌人作一点一线之争夺”，“我军作战之方略在消耗敌人而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的”等等，但是在反攻南昌的作战中，当奇袭未能成功、已形成以弱我向强敌进行阵地攻坚战时，不顾战场的实际情况，仍限令于5月 5日前攻下南昌，以致不仅南昌未能按其主观愿望攻克，而且部队遭到大量不必要的伤亡。
判断错误
第九战区保卫南昌选定的主要防御方向为南浔铁路方面，而日军的主突方向则在修水以西，相差甚远。有些担任防御的军队(第79、第49军等)仅部署1个师在第一线，正面长达15公里，而军的主力却部署在第一线后方1日行程之处，这在当时的机动条件下不仅策应困难，而且也违反了以军为基本战略单位、军长应直接指挥战斗的原则，致一点被突破，即全线陷于被动，不能有效地遏止、迟滞敌人。
执行不力
反攻南昌作战计划的主要内容是以主力进攻南浔路沿线之敌，彻底破坏交通，切断日军的增援及联络，以一部攻南昌。而担任这一主要任务的第1集团军和第74军为相隔甚远的几个日军独立据点所阻，无一点兵力进至南浔路上，对战役产生极不利的影响。
遭受毒气
这也是修水防线被迅速突破和中国军队在战斗中伤亡惨重的重要原因之一。日军在强渡修水前进行炮火准备时，使用了全部能够发射毒气弹的火炮进行急袭，仅19时20分至30分的最后10分钟中，即发射毒气弹3000余发。紧接着，日军野战毒气队又在12公里进攻正面上施放了中型毒气筒15000个(其中第101师团正面施放了5000个，106师团正面施放了10000个)，修水河中国守军阵地的2公里纵深内完全为毒气所笼罩。守军伤亡极重，当时中毒的团以上军官即有第26师师长王凌云、旅长龚传文、团长唐际遇和第105师的团长于禬源等。部队缺乏防毒手段及措施，处于惊慌之中，指挥失灵，致战斗力接近丧失，日军得以顺利渡过修水河。参加南昌会战的日军野战重炮兵第15联队联队长佐佐木孟久大佐，在其所著《十加部队的变迁》中说：“3月21日拂晓是阴天，有约3米/秒的风吹向敌方，这是使用特种弹的绝好天气。按照预定计划，从拂晓开始，进行试射、校正射效，以后转入炮火准备后，140门大炮的炮声盖住了修水河畔，实为壮烈。最后发射特种弹，亲眼目睹了浓浓的红云渗透至敌阵的情景。结束炮火准备后，前沿步兵放射特种筒，战斗进展很顺利。当炮兵按计划延伸射击后，步兵一齐进攻，突入敌阵……如入无人之境。”与此同时，日军第6师团第11旅团在进攻武宁中国军队阵地时，也使用了大量含有窒息性毒气的特殊发烟筒12个，致守军官兵500人遭烈性毒气伤害，阵地被攻占。由于日军规定“对特种烟实施地区，务期歼灭华军，希图灭口”，所以据被俘的日军上等兵野上今朝雄笔供，在武宁中毒的中国官兵全部被日军刺杀。以后在高安附近战斗及强渡锦江等作战时，均曾使用了大量的毒气弹和毒气筒。