琼崖纵队是中国共产党在海南岛领导的一支人民武装，是以1927年9月海南岛农民起义队伍为基础组建的。这支人民武装在土地革命战争、抗日战争和解放战争中经历了长期艰苦卓绝的斗争考验，创立了以五指山为中心的革命根据地。
抗日战争爆发后，琼崖特委根据中国共产党的抗日民族统一战线政策，与国民党当局经过一年多的谈判，达成了团结杭日的协议，并于1938年12月5日在琼山县云龙圩将琼崖红军游击队改编为广东省民众抗日自卫团第十四区独立队(以下简称独立队)，冯白驹任队长。改编时约300人，编为3个中队。
1939年2月10日，日军以台湾混成旅团一部，在海军的支援下。在海南岛北部的天尾港登陆，迅即占领海口、琼山、定安、文昌等地。14日，日军又以第五舰队一部，在海南岛南部的三亚港登陆，迅即占领三亚、榆林等地。尔后，日军南北对进，海南全岛遂告沦陷。国民党守军保安第十五团等部退入五指山区。
日军登陆时，刚改编的独立队在国民党军撤退的情况下，毅然开赴南渡江的重要渡口潭口，冒着敌机的猛烈轰炸，构筑工事，阻击日军渡江。独立队的这一行动，在人民群众中产生了良好的政治影响。此后，独立队以第一中队在琼山县的云龙、道崇、三江、丰演，以第二、第三中队在琼山县的咸来、树德和文昌县的大昌等地，开展统一战线工作，发动群众，扩大武装。不久，与国民党当局联合成立了琼崖战时党政处，颁布了《动员委员会组织条例》，在部分县、乡成立了保卫琼崖动员委员会。由于这一时期琼崖地区的国共合作较好，琼崖抗战出现了蓬勃发展的局面。各地的农民抗日协会、青年抗日协会、妇女抗日协会等抗日组织纷纷成立;许多失散的国民党军政人员要求独立队收编，共同抗日;不少国民党军队和行政机关要求独立队派员协助加强政治工作，整顿组织;而独立队本身也迅速发展到1000余人。为了适应部队迅速发展的形势，1939年3月，中共琼崖特委将独立队改称独立总队，由冯白驹任总队长，下编3个大队。
独立总队成立后，中共琼崖特委和总队部即以第一、第二大队于琼山、文昌地区，以第三大队于澄迈、临高、儋县、昌江、感恩地区，开展游击战争。1939年3月中旬，第一大队在琼(山)文(昌)公路干线上的罗牛桥伏击日军的运输车辆，击毁汽车1辆，歼日军大佐指挥官以下20余人。5月，第二大队在海口市郊长村桥附近伏击修路的日军，缴枪7支。6月，第一大队化装潜入文昌县城，袭击日军北门哨所，歼日军数人。日军遭独立总队连续打击后，出动1000余人对琼(山)文(昌)地区进行“扫荡”。为牵制敌人，独立总队以第二大队一部西渡南渡江，迸至琼山县龙塘、十字路、龙桥、府城和海口郊区活动，威胁敌心脏地区，并将游击战争发展到海南岛西部地区。从1939年2月至年底，第一、第二大队在琼文地区作战70余次，歼日军800余人，开辟了琼崖抗日根据地。
为了发展海南岛西部地区的抗日游击战争，独立总队第三大队于1939年冬组织了围困那大日军据点的战斗。那大位于海南岛西北部，是情县、临高、昌江、感恩、白沙五县的交通枢纽，驻有日军100余人及伪军1个中队，独立总队第三大队决定联合国民党地方当局和动员群众，采取围困战术将日军挤走。战前，在独立总队第三大队的主持下，召开了陶江、南丰等8个乡和游击队负责人会议，成立围困那大行动委员会指挥部，在国民党儋县县长和各乡行政人员的支持下，组织工作队深入群众，建立各种围困组织，参加围困的有武装人员400余人，群众2000余人。10月下旬，围困战斗发起，第三大队以两个中队及部分地方游击武装对那大之敌连续进行袭扰，以部分武装人员带领群众在那大外围严密警戒，切断那大之敌与外界的一切联系。至11月初，那大之敌因给养断绝，孤立无援，被迫乘夜暗突围向儋县县城逃窜。第三大队进入那大后，未及逃跑的伪军1个中队全部就俘，缴枪60余支。那大战斗的胜利，促进了海南岛西部地区抗日游击战争的开展。
为了发展海南岛西部地区的抗日游击战争，中共琼崖特委于1939年12月决定将特委和总队部转移到临高、儋县、白沙交界的纱帽岭地区，建立以那大为中心的抗日根据地。1939年1月下旬，特委及总队领导机关率特务大队向纱帽岭地区转移。2月中旬，转移部队抵达美合地区时，那大镇已被日军重新占领，特委及总队机关不能继续西进，于是决定留在美合地区创建根据地。
美合位于澄迈县东南部山区，是控制屯昌、澄迈、临高、儋县的要地。独立总队进至美合后，迅速控制了美合周围的仁兴、南坤等乡，并建立了100余人的民兵。与此同时，在儋县、昌江、临高等县成立了第四大队和第五大队。同年夏，在美合建立了干部学校。9月，中共中央派庄田、李振亚抵琼崖，加强了独立总队的领导和指挥。接着，整编了部队，统一编成2个支队，1个特务大队和1个独立大队(亦称第四大队)，共3000余人。同时，充实了总队领导机关，由冯白驹任总队长兼政治委员，庄田任副总队长，李振亚任参谋长，王业喜任政治部主任。
1940年1月下旬，中共中央指示琼崖特委：海南岛应作长期抗战的打算，应以全岛为目标，大力发展党和武装，开展民运工作，不顾国民党的任何阻碍，坚决组织全岛人民的抗日斗争。要自力更生，把琼岛创造为争取900万南洋华侨的中心根据地。中共中央的指示，指明了海南岛抗日游击战争的发展方向。
独立总队的迅速发展壮大，引起了海南岛国民党当局的恐惧。从1939年下半年起，国民党就不断制造借口，限制独立总队的发展。独立总队始终以大局为重，据理交涉。但国民党地方当局不仅不听独立总队团结抗战的劝告，反而于1940年11月7日，以保安第七团及部分地方武装共3000余人向美合根据地发起进攻。在众寡悬殊的情况下，独立总队被迫撤出美合，向琼山、文昌地区转移，于1941年1月进至琼山县树德乡。3月。国民党军保安第七团再次向独立总队发动进攻，独立总队根据中共中央的指示，坚决实行自卫反击，歼顽军一部于罗蓬坡。6月，独立总队又粉碎顽军3000余人对琼山文昌根据地的进攻。在反击顽军进攻的同时，独立总队于7月以两个支队的兵力袭击日军美德村据点，击毁日军军车2辆，歼日军60余人，缴获机枪2挺，长短枪20余支。此后，第一、第二支队向琼山县甲子乡挺进，继续巩固和扩大琼文根据地。
自1939年2月日军登陆海南岛至太平洋战争爆发，中国共产党在海南岛积极开展统一战线工作，独立自主地开展游击战争，先后在琼(山)文(昌)，乐(会)万(宁)、澄(迈)临(高)地区建立了根据地。1941年5月至11月，相继成立了乐万、文昌、澄(迈)临(高)抗日民主政府或办事处和琼崖东北抗日民主政府，独立总队也由原来的300多人发展到3500余人。此外，还在许多县、区、乡建立了群众性的抗日组织，其成员达5万多人，从而使海南岛的抗日游击战争出现了蓬勃发展的局面。
1943年夏，总队领导机关转移到澄迈县，挫败日、伪军的“蚕食”、“扫荡”。1944年秋，独立总队改编为广东省琼崖抗日游击队独立纵队。1945年7月初，建立起白沙抗日根据地，继而对日、伪军实施反攻。
在抗日战争时期，琼崖抗日游击队独立纵队沉重的打击了海南岛的日伪军。至抗战胜利，纵队发展到7000多人，解放了海南岛五分之三的地区。