19世纪末，在中国北方大地上出现了以农民为主体的反帝爱国的义和团运动。义和团“扶清灭洋”的口号使正在瓜分中国的西方列强充满了仇恨与恐惧，他们一面威胁清政府加紧“剿除义和团”，一面策划乘机对中国出兵，进行大肆掠夺。1900年6月，英、法、德、奥、意、日、俄、美8个国家，公然组成了八国联军侵入中国，直接参与镇压义和团，揭开了八国联军侵华战争的序幕。
八国联军于1900年6月17日攻占了大沽炮台，到30日为止，在该处上陆的日本官兵达3828人，在由大沽登陆的8个帝国主义侵华军中居第二位。这支部队从29日起陆续开往天津，很快投入了对义和团及清军的战斗，并参加了炮轰天津城，这次战役日军出兵2700人，占联军兵力的一半以上。攻下天津后日军占领了天津城内最殷富的东北区，对此地进行了长达两年的殖民统治。8月，联军15000余人向北京进逼，其中日军投入兵力7200人，约占联军总数的一半，居八国侵略军的第一位。8月14日，联军攻下了北京城，日军攻占朝阳门、东直门，接着占领安定门、德胜门、西直门。慈禧太后带着光绪皇帝和亲信仆臣，仓惶逃往西安。在以后的几个月间，八国联军侵占了东至山海关、西至娘子关、南至保定、北至张家口的广大地区，日军又在北京、天津、山海关附近多次参加了对义和团等反帝武装的“讨伐”。
北京的陷落标志着义和团反帝运动被八个帝国主义的联合力量绞杀了，而日军是这个联合力量的基干。从7月中旬的天津之战到8月中旬的北京之战，在这关键性的一个月之内所进行的几次决定全局的战斗中，日军不但投入兵力最多，而且打的也最卖力，日本强盗在整个“八国联军”武装侵华过程中，充当了先锋和主力。他们每到一处，都疯狂地抢劫、烧杀和奸淫，给中国人民带来了深重的灾难。八国侵略军侵占天津、北京后，进行了灭绝人性的烧杀抢劫。日本侵略军在天津郊区血洗纪家庄，屠杀了2000多居民。在天津掠夺白银200万两后，又从北京户部抢走库存白银300万两，然后将衙署焚毁。日寇强占清皇宫后，将宫内珍宝及历代文物，抢掠一空。
1901年(农历辛丑年)9月7日，西方诸国强迫清政府签订了丧权辱国的《辛丑条约》。内容包括：惩办“得罪”列强的官员;派亲王、大臣到德国、日本赔罪;清政府明令禁止国人建立和参加抵抗侵略军的各种组织;赔款4亿5千万两白银，分39年付清，本息9亿8000万两白银;在北京东交民巷一带设使馆区，各国可在使馆区驻兵，中国人不准在区内居住;平毁大沽炮台以及北京至天津海口的炮台;各国可以在北京至山海关铁路沿线驻兵。《辛丑条约》使中国的主权进一步沦丧。北京的使馆区内列强驻兵、行政独立，成了“国中之国”。外国取得北京至山海关的驻兵权，使中国京师关防洞开、无险可守。《辛丑条约》签订后，中国完全沦为半殖民地。
根据《辛丑条约》，日本在使馆区以及北京至山海关沿线驻军为400人，然而早在《辛丑条约》签订前的4个月，日本政府就以“护侨”、“护路”为名，宣布成立“清国驻屯军”，任命大岛久直中将为第一任司令官，司令部设于天津海光寺，兵营分别设于海光寺和北京东交民巷，兵力部署于北京、天津、塘沽、秦皇岛、山海关等地。以后随着日本军国主义对华侵略的扩大，日本驻屯军又不断地增加。1912年，日本将“清国驻屯军”改名为“中国驻屯军”。因该军驻扎华北，通常被人们称为“华北驻屯军”。