“协定”之二、三、四条均有“附件”。“附件一”规定中国军队驻扎之具体地点；“附件二”规定日本军队驻扎和可以使用之地区；附件三”规定共同委员会之组成。 中国代表在宣读《协定》条文时，发出两次声明，但并未作为附件而附属于《协定》文件之内。中国的声明，一是关于《协定》第二条的声明，说中国方面在停战会议讨论此条时，曾声明：“双方了解，本协定内，对于中国军队在其领土内之调动，并不含有任何永久之限制”。并说：“当时双方同意，此项声明于该项会议时业经接受。”而是关于《协定》第三条的声明，说：“双方了解，按照第三条，日军暂驻区域内之市行政权，包括警察权在内，仍由中国当局行使之。日军之暂用该项地点，于上海市政府之工作，不得有任何妨害。”此外，中国政府同日在南京发表了一个有关《协定》的书面声明，宣布将设置特别警察队，以维持临近上海租界的撤兵区域内的治安与秩序。 日军的撤退分为四批实施。第一批自5月6日起，日军主力部队向连接狮子林—杨行—大场—真如之线以东地区撤退。第二批至5月9日中午止，撤出嘉定、南翔、浏河等地。第三批，至5月10日中午，撤出罗店。第四批，从狮子林—杨行—大场—真如之线全部撤退。5月12日中国首都保安队接管闸北，19日接管江湾，23日接管真如，24日京沪铁路恢复全线通车，同日接管吴淞炮台。5月31日，日军除海军陆战队及宪兵共2500人以外，全部撤离上海。中国调北平保安队1000人由瑞士教练统带赴上海维持治安，另派国军第二军精锐步兵2营驻淞沪警备司令部所在地龙华。至6月17日，淞沪铁路以东、沙泾港以西、公共租界以北，虹口方面越界筑路周围地域的日军海军陆战队，全部撤入越界筑路地域以内。至此，除《停战协定》所允许日军暂驻的丁区（闸北日本坟山）内的警察权尚未恢复外，所有日军退出地区，完全恢复上海市政府的行政区与警察权。至7月17日，日军最后撤离丁区，由中国方面派保安队予以接收。至此，日军全部撤出公共租界和虹口越界筑路以外之地区，全面恢复“一二八事变”前之原状。