本来江阴地区已经降清，但由于清规定必须剃发，这就出事了。
要知道中国人历来认为“身体发肤，受之父母”，以前割头发都算是杀头的，比如曹操的割发代首。
所以当听说不剃发就要杀的时候，江阴地区不干了，斩杀清差，以“大明中兴”为旗号，正式反清。
大家公推阎应元为首，阎应元把全城壮丁安排守城，肃清内奸，人尽其才，做好接下来的准备。
降将刘良佐命九员上将攻城，被城上长枪一顿刺，五死四伤。清军主帅大怒，步军三万，猛将数十名，一起攻城，都被打退。
阎应元深知长此下去必然不利，于是他利用一切可利用之人，哪怕是犯人，并制造小弩、火砖、木铳、火球等无数。
这些东西杀伤力极强，比如木铳火球能爆炸，挝弩能钩人，甚至弓箭都抹了毒药。
清兵每天损失极多，却依旧攻不下来。刘良佐命人搭三层牛皮帐，弹性极好，但阎应元用桐油烧之，清兵沾着就死。
他派人诈降，把火药藏在银子之下，到清军大帐后，引火爆炸，炸死一王二将，以及3000余人。
清兵把周围的僧侣找来，在城下跪着哭泣，希望阎应元投降，但全城上至八十老人，下至妇女儿童，无一人愿降。
多铎闻知，派人率20万大军和两百门重炮围攻。
终于，历时81天，杀了清军3王18将以及75000人的江阴保卫战结束了，史称“江阴八十一日”。
江阴城破后，阎应元家丁十几人，不降被杀；43名男女举火自焚；宁死不降书生无数。
阎应元写下最后的绝命联：
八十日带发效忠，表太祖十七朝人物。
十万人同心死义，留大明三百里江山。
最后带人展开巷战，杀死清兵无数，被俘后，阎应元宁死不跪，腿被刺穿，英勇就义。
清军后来屠城，许多百姓力战而死，都以先死为荣，很多贞烈妇女更是自杀，连七岁孩子都坦然就义，无一人顺从。
屠城之后，全城仅剩53人，自此，江阴地区一直默默反抗清朝，不做官、不应举。
一直到百年后乾隆“认错”——为阎应元修祠庙，主动示好，情况才有所好转。