北府军，又名北府兵，是中国东晋时谢玄主持创立的一支军队，一开始权力几乎只属于陈郡谢氏家族，后数度易主，并成为南朝军队主力。东晋孝武帝太元二年(377年)，由于前秦已一统北部中国，东晋王朝受到空前的军事压力，因此诏求良将镇御北方。当时的权臣谢安遂任命其侄子谢玄应举。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事，镇广陵。其时广陵和京口聚居着大量逃避北方战乱而来的流民，谢玄到任后，在这些人中选拔骁勇士卒如刘牢之等，建立了一支军队，太元四年(379年)，谢玄改镇京口，因为当时京口又名北府，故而其军得名北府兵。太元八年(383年)，北府军在淝水之战中一举击败前秦大军，乘势追击，刘牢之一度追到邺，北府军从此一战，史上留名。
太元十二年(387年)，谢玄被解除了北府军的领导权，司马恬、王恭先后代之，北府军军阀化。晋安帝隆安元年(397年)，王恭率北府军起兵反晋，次年刘牢之杀之，代之为北府军领袖。此后北府军主要致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。晋安帝元兴元年(402年)，北府军奉命征讨在荆州割据的桓玄，刘牢之随即投降桓玄，桓玄称帝后削减刘牢之兵权，刘牢之意图起兵对抗桓玄，然由于投降桓玄早已丧失人心，众叛亲离下自杀。元兴三年(404年)，原北府军参军刘裕率余部在京口起兵反抗桓玄，并杀之。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立宋，北府军成为其皇家军队的主力。
淝水之战后不到二年，即太元十年四月，谢安为了避开司马道子，出镇广陵，让出中枢朝权。太元十二年正月，朱序为青、兖二州刺史，代谢玄镇淮阴，征玄为会稽内史，解除了他的兵权。太元十五年，孝武帝以后兄王恭为都督青、兖、幽、并、冀、徐州晋陵诸军事，兖、青二州刺史，镇京口，北府兵为王恭掌握。隆安元年，恭在京口起兵反对司马道子和王国宝，北府兵成为内部火并的工具，次年恭再次起兵，其司马刘牢之反戈击灭王恭，代恭为都督青、兖、幽、并、冀、徐、扬州晋陵诸军事，镇京口。隆安三年，孙恩起义，北府兵又成为镇压起义兵的主要力量。元兴元年三月，刘牢之投降桓玄，旋被夺去兵权被迫自杀，北府兵为桓玄并吞，北府兵重要将领高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武、孙无终均被杀，刘袭兄冀州刺史刘轨及宁朔将军高雅之，刘牢之子刘敬宣投奔南燕慕容德。
北府兵根据地京口和广陵，分别由桓修和桓弘镇之，北府兵士众由诸桓分领，北府兵至此被瓦解。从东晋太元二年北府兵建立，到太元十二年谢玄解除兵权，共十年。从太元十二年至元兴元年十五年时间，北府兵主要掌握在刘牢之手中。元兴三年，刘裕在京口重组北府兵，但这不是北府兵的重建，而是一个新的王朝军队的肇始。