“岛原之乱”的直接导火线有两件事：一件是岛原农民与三右卫门因没交足“年贡”，其怀孕的儿媳被抓去赤身裸体关进水牢，在水牢里生下孩子，大人孩子全死了。另一件是岛原农民角藏、三吉二人渡海去拜访天草的四郎时贞，被授予修道士资格，回岛原后，复宗者越来越多，惊恐的领主松仓家派代官偷偷将二人及其家属18人全部杀死。这样的暴政，逼得教徒们团结一心，开始了坚决的反抗。天草、岛原两地互为策应，相互支援，教徒军一下子就猛增为3万多人。并打了几次漂亮仗，搞得官军头领战死的战死，剖腹的剖腹，幕府在无计可施的情况下，才决心派大将率大军前来剿灭。
松平信纲汲取了板仓重昌战死的教训，用的是长期围城待城内弹尽粮绝时再一举攻破的办法。大约从1月4日围困到2月27日。期间，松平信纲尝试了从海上炮击、挖坑道等办法，均告失败;又把四郎时贞的母亲、姐姐等抓来当人质，往城里射瓦解军心的信箭等，也没有奏效。27日这天，教徒军见官军没有动静，以为平安无事，便三五成群地出来捞海草当食物，官军突然出现，进城后放起火来，义军都退到本丸(最里面的城堡);28日晨幕府军开始总攻。教徒军打开城门，杀了出来，其中有不少手持竹矛的妇女儿童，出城者被悉数杀死。留在本丸的伤兵和妇女儿童大多自决了，不少纵身跳进火海。他们嘴里念着神的教诲，慷慨赴死。攻进城里的官兵对着起义的老弱残兵，砍脑袋、削鼻子，唯恐自己杀人太少。战斗极端惨烈，3万多教徒几乎无一生还。
幕府兵们都争先恐后地要取得四郎时贞的头。凡是砍了十几岁男孩头的都希望那是四郎时贞。四郎时贞的母亲被逼确认四郎时贞正身。但母亲喊道：“他是天上派来的使者，你们杀不死他的，现在他已经升天了!”。不过，又一个官兵拿来一颗人头的时候，母亲不禁抱住那颗人头哭泣起来：“瘦成这样子了……苦坏了吧?你太逞强啦!”
战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐(香川县)的农民迁到这里。 幕府认为“岛原之乱”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船来航;2年后，又将荷兰商馆迁至长崎，禁止外国船员和日本人来往，从而，开始了长达260年的锁国政策。此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，和世界其他各国完全断绝了往来。农民，利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个16岁少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。