徐光启确实有在党争中中立超然、全身而退的智慧，但这并非简单的一句精明可以涵括，其实他之所以全身而退，和他遭到诬蔑时候的独持异见、据理力争和清介廉洁、克己奉公的为官之道都有着很大的关联。
泛读《明史·徐光启传》，满眼都是“志不得展”、“不听”、“既而以疾归”、“议不合”、“复称疾归”、“落职闲住”、“不能有所建白”，可见他并不是一个左右逢源的人，而至于兴利除弊、深谋远虑、拼死苦谏、挚情吟唱这些，徐光启其实一个都没有落下。
徐光启在数学、天文历法、农政等等方面的建树众所周知，无须多说，特别值得一提的是他在军事上的贡献。
徐光启是我国最早提倡引进红夷大炮用以作战的先驱之一。他面对危如累卵的时局，一直关注军事，在万历年间就披肝沥胆，上疏言“正兵”，同时也参与实务运作，在北京城郊的通州、昌平地区训练新兵，崇祯二年(公元1629年)，他又曾为保卫京城出谋划策，而其中最为引入瞩目的就是引进和仿制红夷大炮。
红夷大炮，又称西洋大炮(清朝避讳夷字，改称红衣大炮)，即英制前装重型滑膛加农炮，在当时，是一种革命性的新生事物，明朝自制的火铳与之相比真是“小巫见大巫”。徐光启认识到：“今时务独有火器为第一义”，“可以克敌制胜者，独有神威大炮一器而已”。在他的大力倡导下，明廷先后四次向澳门葡萄牙商人购炮四十余门。这些红夷大炮中的11门被转运到山海关和宁远，在宁远大捷中发挥了重要作用。宁远大捷是后金发动战争以来遭到的第一次重大挫折，蓟辽经略高第奏报和张岱《石匮书后集》等文献记载证实后金一重要人物在此役被大炮炸伤，传言即清太祖努尔哈赤，并因此而不治。袁崇焕的军功章上也有徐光启这个上海男人的一半。红夷大炮从此威名远扬，明朝廷随之大规模组织人员，对红夷大炮进行仿制，崇祯三年(公元1630年)半年间，徐光启本人就共主持仿制了红夷大炮四百余门。
徐光启的这项工作在当时遭到朝中许多重臣的极力反对和攻击，保守官僚指责他“一味迂腐”，不应“以词臣而出典兵”，选拔兵士是“骚动海内”，练兵购炮的目的“无非骗官盗饷之谋”，“以朝廷数万之金钱，供一己逍遥之儿戏，越俎代庖事小，而误国欺君其罪大”。倘若他是个精明而不高明、和光同尘、左右逢源的上海男人，估计早已吓尿歇搁。
徐光启晚年的痛心事也与红夷大炮有关。崇祯四年(公元1631年)八月，西洋火炮专家、徐光启的弟子登莱巡抚孙元化(他也是上海川沙高桥镇人)，急令孔有德率军赶赴辽东前线增援被皇太极围困的明军。孔有德抵达吴桥时，因部队给养不足，又受奸人煽动，发动叛变，史称“吴桥兵变”。叛军攻陷登州，掳获士兵七千人、马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十门。孙元化自杀未成，但坚持不向叛军妥协，城中辅佐孙元化的葡萄牙人12人死亡，15人重伤。崇祯六年四月，孔有德、耿仲明从镇江堡(临鸭绿江出海口)降后金，如获至宝的皇太极出郊十里迎接，孔有德等降军日后成为满清汉军旗的主力和攻明的急先锋，明清火炮战力配比也自此逆转。孙元化放回后被崇祯帝处以大辟极刑，含冤而死。
徐光启痛失爱徒，而且自己苦心筹谋的战略布局出现逆转，他的晚年心境应该是无比伤感的。崇祯六年十月初七日(公元1633年11月8日)，也就是吴桥兵变的第二年，徐光启病逝于北京，享年七十二岁。
徐光启临终四道奏疏，谈论的都是关于修订历法的事情，无一言及于自身的功利封荫，也无一言论及兵事，“说出来蛮傻的，就不讲了”，但关于钱粮一项，四年共领户部、礼部、工部银八百七十余两，他都一一亲自料理记录封存，即使贫病交加，也未动用过一分一文--上海男人账目总是清清爽爽。而他也有路明老师舅舅那样的一把剔骨刀，架在朽烂的制度、传统的陋见和自身灵魂品格的脖子上。