黄巾之乱对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾之乱无法快速蔓延至全国，减缓了东汉覆亡的危机。但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在黄巾之乱中拥有的兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。
黄巾起义，是我国历史上第三次全国规模的农民革命战争。比起秦末、西汉末两次起义，这是一次有周密计划、有长期准备、有明确目标的农民起义。同时，这次起义不再利用某些统治者的旗号，而是公开提出“黄天当立”的口号，表明了农民起义有了新的发展。
黄巾农民起义战争的成功经验，主要表现在：第一、它提出了明确的斗争目标，即消灭东汉政权，建立自己的统治，这对号召和团结人民参加起义起到了重要的作用。第二、利用宗教形式进行起义的宣传和组织工作，麻痹了官府，积蓄了力量，为举行起义作好了比较充分的准备。第三、起义计划制订得比较周密、具体。所谓“内外俱起”、“八州并发”就反映了这一特点。
尽管后来由于叛徒的告密，使这一起义计划的实施遇到很大的困难，但经张角果断处置，它基本上还是得到了落实，从而给东汉王朝予沉重的打击。第四、斗志坚决，宁死不屈，敢于攻坚，勇于牺牲，以此向天下昭示了起义将士的斗争精神和高尚气节。
黄巾农民战争失败的教训同样是非常深刻的：一、它没有远大的战略眼光，因此提不出更具体的策略方针;二、它没有建立起后方基地和有组织的战斗部队，因此部队保障受到限制，战斗行动受到掣肘;三、它缺乏统一的指挥和互相的配合，各自为战，因此造成战区上的孤立、分割态势，以致为敌占优势的主力军所各个击破;四、它不懂得在敌强我弱形势下采取运动战、游击战等机动作战形式的重要性，因此热衷于城池的攻守，将起义军主力胶着于一地，同敌人打硬仗、拼消耗，直至耗尽自己战斗力而被击败。所有这些，都是起义军在战略上和作战指导方面的严重失策，也是直接导致这场轰轰烈烈的农民革命战争不幸失败的主要原因。
黄巾起义和在它影响下的各族人民起义，持续了二十多年。由于起义农民本身的弱点，起义被残酷镇压，但在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝已名存实亡。